まず、建造中の艦船に配属される人員を艤装員（艤装員長）、運行されている艦船の人員を乗組員（艦長）と言い分けていると考えて下さい。
　乱暴な話をすれば、自衛艦旗・軍艦旗を掲げた瞬間（造船所の工作物から防衛庁の船に変わった瞬間）に、「艤装員」から「乗組員」に替わるわけです。ですから、基本的に艤装員の仕事は乗組員のそれと大差ありません。
　建造・艤装中といえども後期には公試（航海を含む）を行いますから、最初期には艤装員長以下数名の幹部で事足りた艤装員も、最終的には平時に必要な人数を満たすだけの艤装員が配属されると思います。
なお、艤装員長がそのまま初代艦長を務める事が一般的なようです。

　次に機器配置の変更ですが、艤装中に出る多少の不具合をは艤装員のアドバイスで手直しを行うことでしょうが、艦内区画を変更したり船装品を大幅に動かしたりといったものは所掌外でしょうから、後継艦で改正もしくは後日の改修になると思います。
（この種の不具合を洗い出し、後日反映させるのも艤装員の仕事の一つではありますが、その時は「手直し」以上の事は難しいと思います）　

　
　
能登

明解な解説をありがとうございます．　スッキリしました．
海自の場合で言えば，自衛艦旗を掲げるまでの呼び方の問題と考えて差し支えないのですね．
ｶｯﾀ

>海自の場合で言えば，自衛艦旗を掲げるまでの呼び方の問題
>
　概ねそのようなご理解でよろしいかと思います。
　ただ私も海自の関係者ではありませんので、細かい点では齟齬があると思います。何かお気づきがありましたらフォローのほど願います　＞各位
能登