＞後部VLSの代わりにへり格納庫を
ヘリ２機を搭載するフライトIIAでも、後部VLSはそのままありますよ。
ヘリと委細にあたっては後部VLS周辺の構造物を拡大し、後部VLSを挟むように両舷にヘリ１機づつが入る格納庫が設置されています。
また、船体のサイズも（大きな違いではありませんが）全長が153.8mから155.3mに1.5mほど長くなっています。
つね

誤字がありました。すいません。
ヘリと委細 → ヘリ搭載

ちなみに、質問者様はF1とF2という言い方をされていますが、アーレイバーク級フライトIIはヘリ搭載型ではありません。上の回答でも書いておりますとおり、ヘリ搭載型はフライトIIAになります。
つね

学研の最新海洋兵器図鑑にアーレイバーク級フライトIIＡの側面イラストが載っています。（ｐｐ49）　
これを見るとつねさんのおっしゃるように船体後方の構造物がヘリ甲板まで拡張されています。ＣＯＯＬさんのご覧になった写真はヘリ搭載型でないフライトIIの方ではないでしょうか。これはフライトIとほとんど同じに見えます。ちなみにＣＩＷＳは撤去されていないようです。
オルシナス

なるほど。
アーレイ・バーク級というのも見てみると３っに大別されるんですね。
FlightI　DDG51から71。
FlightII　DDG72から78。
FlightIIA　DDG79以降。

フライトIとIIというのは若干の改良で見た目はおんなじです。
「IIＡ」がヘリ２機搭載用の格納庫を設けているので艦後部の印象が違いますね。
Googleば数が多い艦ですのでクサるほど画像が見れますよ。後部VLSの様子も百聞は一見に如かずです。

新しい艦（DDG85以降）はもう20�_CIWSは積んでないですね。
RMS（Remoto Minehunting System)を舷側に収容する艦もあります。
予想される将来の戦闘状況に合せてこれからも少しづつ変化していくのでしょうね。

とく名希望

そのまんまズバリですが
http://www.ships-net.co.jp/detl/200210/indexj.html
２００２年時点の情報ではありますが、特集に目を通しておく事をお勧めします、在庫もあるようですし。
ｏｏｉ

　みなさん、いろいろとご回答ありがとうございました。Ｆ１とＦ２は普通に間違えました。一応、Ｆ２は“フライトIIＡ”ということです。
　ヘリ格納庫はＶＬＳを挟むようにして増設されていたのですね。海自の新型ＤＤＧのイメージ画像を見たとき、ヘリ格納庫の上にＶＬＳが搭載されているようなデザインになっていたので、幅が同じくらいのアーレイ・バークもヘリ格納庫とＶＬＳを横に並べるのは無理なのだろうと思い込んでいました。
COOL