＞他の機体のように故障は多かったのでしょうか
碇義朗著「新司偵」によれば、「高度一万一千メートルで全速飛行(630Km/h)が可能であり」「タービンを連続使用しても飛行に支障のない状態には仕上がっていた」ものの「決して満足すべき出来ではなく」、タービン回転数制御ガバナーの追従不良、タービン軸からのオイル漏れ、吸気系ゴムシーリングの疲労破損、点火系配線からのコロナ放電、プラグの性能低下などの問題があったと記されています。

＞本土防空では活躍したのでしょうか?
同著巻末の表によれば、キ-46-IV は試作４機だけと記されています。
III 型改防空戦は約 90 機が生産されたものの、特に目立った戦果はなかったようです。
ささき

四型試作機は、機体番号からするとあるいは三型量産初期の機体を改造したものなのかも知れず、防戦型が作られるまでには至っていなかったような雰囲気です。司偵としては、沖縄戦の勃発により試作機のまま実戦飛行に供され、比較的多い回数強行偵察をこなして成功していたようです。


片

｢あるいは｣じゃないですよね。その件に関しては確定的です。
片