通信能力と司令部が居住できる予備スペースの広さが重視される筈ですが…　なんか好みだけで選んでいるようにも思えます（＾＾；

後は指揮の取り易さですね。機動艦隊なら空母を旗艦にすれば航空機部隊の指揮も取り易くなります。

基本的には太平洋戦争中期までは、最新、最大の軍艦が当てられることが多かったようですが、後期には旗艦とする事で実質的な戦力をダウンさせる事を避けて適当なサイズと機能を持った艦が当てられるようになったように思います。レイテ海戦の栗田艦隊の場合は複雑な事情があったという説もあったそうですが。それから当然のことですが、巡洋艦以下の艦で編成された艦隊や戦隊の場合は当然旗艦は巡洋艦になります。

（ちなみに）戦車なら指揮官旗を掲げている戦車が真っ先に狙われる例（アフリカ戦初期の英軍戦車など）はありますが、軍艦ではマストに掲げている旗で飛行機に狙われるなんて事はないです（見えませんって＾＾m）