ミッドウェーで誘爆と火災の恐ろしさを思い知ったからでは？

そもそも高角砲に三式弾なんか使えましたっけ？戦艦の主砲弾だけだと思ってましたが・・・

駆逐艦の12.7cm砲用の三式弾はあります（ただ、肝心の89式12.7cm用の三式弾は聞いた事無いです）

空母に三式弾積んでなにかいいことあるかい？

対水上戦用の艦砲に無理に対空戦能力を持たせようとしたのが三式弾です。空母は最初から高射砲しか持っていないし、持っていれば三式弾は必要ありません。結局三式弾は気休め以上の意味はありませんから。

サボ島沖海戦だか、ソロモン海戦では３式弾による焼夷効果で敵艦の上構造物を効果的に破壊できたんじゃないかな？

第3次ソロモン海戦での敵艦に対する三式弾射撃は、ヘンダーソン飛行場射撃が目的だった為に徹甲弾を発射準備しておらず、とにかく飛行場攻撃用の三式弾で砲撃したのが事実のようです。

第三次ソロモン海戦というのは、夜間の狭い島嶼間の海域での遭遇戦で、海戦としては常識はずれの至近距離での叩き合いでした。だからこそ三式弾でもいくらかなりの効果があった訳です。普通の交戦距離では水上戦での効果なんて全く期待できません。結局、下の方が書かれたように、それしかなかったので、仕方なく三式弾で撃っただけの話で、本当だったら徹甲弾を使っていただろうし、そうすれば相手を撃沈す事も可能だったかもしれません。いずれにせよ、日本海軍は、それ以前も、それ以降も三式弾を対空戦以外に使用した例はありません。

零戦に搭載し空中爆発させる「三号爆弾」もありましたね。大型機迎撃用に作られたものですが、艦載機が使用した例はないと思います。