エンジン出力と航続距離の問題でしょう

あと、用兵思想というのもかなりあると思います。(というか、ただ単に搭乗員が重い物乗っけるのを嫌がっていただけだったりして・・・)

陸軍の爆弾搭載量が少ないのは爆撃自体を戦術的に考えていたからの様です。大陸での運用を考えて、比較的近距離の反復爆撃を念頭にしていたため搭載量はそんなに重要視していなかった模様です。海軍は・・・・なんででしょう？

海軍は爆弾以外の搭載物（燃料）が多いですから（航続距離の変わりに爆弾搭載量を犠牲にした訳ね）、一式陸攻でも燃料減らすと重量２ｔの「桜花」だって積めます。

海軍は魚雷さえ積めればどうでもよかったはずですから、（海軍にとって陸攻は艦隊決戦のためにある）後は航続距離とか運動性を追求してしまったんではないでしょうか

結局日本の爆撃機は戦術面でしか考慮されていないということですね。それじゃ負けてしまうのも当然のような気がします。

陸軍爆撃機の爆弾搭載量については爆弾倉の構造とかも理由のひとつですが、ソ連国境陣地に対する全面的毒ガス攻撃を想定していたことも原因では？「襲撃機」という毒ガス攻撃専用機種（この機種の必須条件の装備でした）まで作ったくらいですから。それにドーウエの理論にもかなっていますし・・・。

襲撃機が毒ガス攻撃専用機種だというのは少し極端すぎる言い方でしょう。米空軍の一昔の戦術戦闘機が戦術核攻撃専用機種であるというようなものでは？

９９式襲撃機は小粒で通好みの好きな機体ではありますが、開戦前の「襲撃機研究方針」は「高速であること」と「ガス雨下」に適する、となっています。軽爆としての任務は結果はどうであれ「余技」であったと訳です。「襲撃機」の定義について以前の質問にもありましたが、この曖昧な機種名の背景にこうした「特殊用途」が存在したと考えれば納得できるのでは？また証拠がないのですが、重爆による毒ガス攻撃が最強、というドーウェの説を陸軍が真に受けていた可能性も高いと考えられます。

すいません、初歩的な考え方ですが、これらはあくまでスペック上の問題であって積もうと思えばいけたのでしょうか。例えば99艦爆に250kg以上の爆弾を積んだ例とか無いのでしょうか？

飛行機としては、９９艦爆は８０番くらいまで積めたと思いますが（彗星と同じエンジンだし）日本機の場合、爆弾架が不適当だったり、爆弾倉の形状が合理的でなかったりするために、搭載量１トンの爆撃機に、小型の２５０キロを積むと２発で一杯になってしまったりするわけです。

↑の「８０番」は搭載可能です。ただし、搭載架を強化して、空を飛ばなければ、です。