９９艦爆クラスの機体とエンジン馬力では、引き込み脚にした場合重量増加や翼内タンク容積減少などのデメリットを上回る抵抗削減効果が出るとは限らず、設計バランスが微妙なところです。更に信頼性や製作上の問題もあって固定脚が採用されたのでしょう。

９９艦爆の固定脚は急降下中の安定板としても働くため、非常に「すわり」が良く爆撃命中精度が高かったそうです。大戦初期の戦果を見る限り、固定脚にした設計は正解だったと言えるでしょう。

スツーカの真似だから。

愛知航空機の初めての全金属製単葉機だったから、引き込み脚まで手が回らなかったんでしょう、この時期は引き込み脚が普及し始める頃ですが、97式2号艦攻、97戦、98軽爆と固定脚も多いのです、D3Aは年式こそ99ですが開発期間が長かった事から見ると前述機と同世代です、ある意味自然なのかも