原形機になった水上戦闘機「強風」が中翼だったからでしょう。

当時日本には適当な局地戦闘機が無くて、強風（紫電の前進の水上機）を最小限の改造で陸上機化（つまりフロートを外して脚を付けるくらい）することとなったんで中翼構造のままなんですよ。御指摘の通り脚を中心としたトラブルが多発したんで紫電改（といっても操縦席と風防以外は新設計なんで別物と言った方が正しい）の開発と相なったわけです。蛇足ですが、私は紫電改より紫電のスタイルの方が好きです。