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フィリピン派遣から７ヶ月後、硫黄島への輸送を目的として、潜水輸送第２派遣隊が編成される。当初第７号艇（ゆ７）、８号艇（ゆ１００１）と母船が参加し、昭和２０年２月１２日に第９号艇（ゆ１００２）、第１２号艇（ゆ１００３）が翌１３日に第６号艇（ゆ６）が東京に向けて出発し、昭和２０年５月頃、先行していた部隊と合流した。続いて第１４号艇（ゆ１００５）が増派されるが、第１４号艇はついに輸送作戦に参加できなかった。昭和２０年７月には、第一潜航輸送隊と改称された。

潜水輸送第２派遣隊の次ぎに南西諸島への補給を目的として、口之津派遣隊が編成された。参加したのはゆ１００７、ゆ１０、ゆ１１、ゆ１２の４隻である。この中で、南西諸島に実際に補給に出撃したのがはっきりしているのはゆ１０のみである。ゆ１０は黒島に不時着した陸海軍の航空機搭乗員を救出した事でも知られている。昭和２０年７月には口之津派遣隊は第二潜航輸送隊と改称された。

昭和２０年６月になると、朝鮮−本土間の輸送が困難となり長崎県御厨を基地とする御厨派遣隊を編成する事になった。派遣されたのは高木部隊本部の一部とゆ１００７、ゆ１１の２隻、三島からゆ１３、ゆ１４の計２隻、の合計４隻であった。