クイーンエリザベス２が約７０３２７トンですからこれで考えてみます。

ハープーンミサイルは全長約４，６ｍのアクティブレーダー誘導対艦ミサイルだから普通の客船、しかも大きければ大きいほど命中する確率は大きくなります。
飛行方法はシースキミングだけと、そこからのホップアップする、の２種類が一般的ですがこの２つでは効果が変わると思われます。

共にほぼ全弾命中と考えても弾頭重量が２２１ｋｇぐらいですから、ホップアップすると上部構造物をちょっと破壊するぐらいで、何発いるかは想像つきませんね。火災が発生して航行不能状態になるかも知れませんが。
シースキミングだともしかすると喫水線か、その周辺に命中して穴が開き、海水が入って沈没、ということがないことも無い気がします・・・。
一応ながーく待つならシースキミングのヤツを５、６発撃ち込んで様子を見ましょう。消火作業をしなければこれだけでも沈没の不可避なダメージになるかもしれません。

さて、
潜水艦から発射されるＭｋ４８魚雷は弾頭重量が３００ｋｇほどあり、結構破壊力があります。駆逐艦クラスなら１発で船体を真っ二つにすることもあります。恐ろしい。
船に対しては魚雷が一番効果的でしょう。客船を撃沈するならＭｋ４８を１本だけでも致死的なダメージを与えられるかも知れません。喫水線以下に穴が開いても商船はどうにもできませんから、ほっとけばいずれ沈むでしょう。
Ｍｋ４８なら３〜４発当たればほぼ撃沈確実でしょうね。


キーロフ

＞1
　逆です。
　今時のポップアップ型は急降下+遅働で船体奥深くで炸裂します。
　よって水線下にも大きなダメージを与えられる訳で、上部構造物だけ壊すなんて甘いものでは有りません。
　ただ、それで撃沈できるかとなると遅働の度合いや船体の浮力と浸水量次第（船体構造の破壊度合いも含む）ので一発や二発では厳しいかもしれません。
　また昨今の商船は結構タフですので、多少の浸水では沈没までは中々達しません（特に昨今の客船は水線下には客用の区画が置かれてないので、きっちりと細分化＆水密性が確保されてます）
　戦艦とは行かなくても、魚雷の一本や二本になら弾頭の規模次第ですが、耐えられると思われます。ただ、軍艦とは異なりダメコンの機能・能力は非常に限られてますので、二本以上の被雷や対艦ミサイルによる大火災等が起こった場合は最終的に放棄に至る可能性は非常に高いでしょう。
ＳＵＤＯ

　客船ではありませんが、1974年に東京湾口で衝突炎上し漂流した４万総トン級のタンカーを海上自衛隊の護衛艦と潜水艦および哨戒機が艦砲・対潜爆弾・魚雷等により撃沈処分したことがあります。タンカーの構造故かかなり手こずったようです。
　これについての過去ログはこちら↓

　http://www.warbirds.jp/ansq/2/B2000728.html

　タンカーの事例なので大型客船に当て嵌めるのは無理があるかと思いますが、ご参考までに・・・
ブラック・タロン

沈没⊆戦闘不能というのが一般的な定義であり、現在のASMはその定義を前提にして弾等威力の設定がなされます。じゃ、どんなダメージになるかというと日本ならばより深く貫入することにより「根こそぎ吹き飛ばす」という状態になります。＞キーロフ氏
sorya

半ゴミ
私見ですが、商船乗りの方との会話や、数年前に東南
アジアで起きた客船火災沈没事故の事例を見ますと
機関室に被害がおよんだ場合には、「致命傷」にな
る可能性が高くなるように感じています。

タンカーに関しては「ありゃ、なかなか沈みませんな。」
という海J元リアアドミラルの談話を聞いたことがあります。

SAW

http://www.warbirds.jp/ansq/2/B2000728.htmlを覧て思うのですが、空自（FS-T2改は投入できるのかな？）や
陸自（当然特科）をどうして投入しなかったのでしょうか、貴重な実践（実戦では無い）体験なのに。
にも。

＞6　陸自の特科部隊使って船に爆弾し掛け沈没させるんでしょうか？（特科以外の部隊でも不可能ではないと思うけど）。引用されている過去ログの12から15当たりのレスをよく読まれれば回答が出てくると思いますが。
アリエフ

「爆弾し掛け」るのは施設科ではないのですか？特科の砲、ロケットで砲撃するに決まって居るじゃないですか。
海自でしょうけど近隣に駐屯地も有りますし展開出来る筈です。
にも。

この第十雄洋丸は東京湾内で事故を起こし座礁して航路を塞いでいたため湾外に引き出され、そこで沈没作戦を展開しています。その湾外の目標目がけて海上自衛隊等の艦艇等からの情報を下に陸自の特科部隊が砲、ロケットで攻撃するよりも、海上自衛隊が担当すれば十分、その方がコスト・パフォーマンスの点でも有利と判断したからでは？うろ覚えですが、かなり沖合いの地点で沈没させたと記憶しています。別に向こうから撃ってくるわけでもないし、なるべく近くから魚雷等使う方が確実に命中させられるでしょ。それでも疑問なら、防衛庁当局に直接質問してみては如何でしょうか。
http://www.nipponkaiyosha.co.jp/redmast/S49.html
アリエフ

＞8　ともかくさ、「自分の思いついた素晴らしい計画」を何で自衛隊が実行しなかったのか、「思いつきの素晴らしい兵器」をなぜアメリカが開発・配備しないのか、余程不満ならここで聞かずに自衛隊等の当局に聞いてみればいいじゃない。それが最も正確な解答が得られると思いますよ。最も、質問なのか自分の意見をごり押ししたいのかわからないような人は、担当者から相手にされないだろうけどさ。
アリエフ

>8さんへ：
　1975年の時点では空自の対艦攻撃方法は「反跳爆撃」のみです。
まだ対艦ミサイルも赤外線誘導爆弾も有りません。
→周りの取材船や民間船の事が有るので手出しできません。

　陸自の特火部隊もSSMの装備が無く、実戦ではありえない重砲
による対艦攻撃を行うしか有りません。

　まあ手間取りましたが海自が担当するしか手が無かったと
言う事です。
猫乃助

FS-T2改による精密爆撃は無理かもしれませんが、空自のロケット弾や反跳爆撃、
陸自の大型ロケット弾（68式でしたっけ？）や重砲を使用する、良い機会だと思います。

＞アリエフ様　余程私に含む事が御有りなのでしたら、書かれてはどうでしょうか。他所が望ましいと思いますけど
にも。

＞第十雄洋丸の経過に付いて

　当時の新聞から撃沈命令が下された辺りの経過を追ってみました。

　まず、第十雄洋丸は東京湾から湾外に曳航されています、しかし１１月２０日
に千葉県洲崎南方２０キロで曳航中に大爆発を起こします、この時点で既に太平
洋上です。
　対策を検討していた海上保安庁は２２日、海上自衛隊に沈没処分にして欲しい
と要請します、その時点で犬吠埼の南東８３キロ沖を時速５.５キロで北東方向
に漂流中と記事には有ります。
　んで、２７日、現場に到着した海上自衛隊は撃沈処分にかかる訳ですが、この
時点で犬吠埼東南東４８６キロの海上に漂っている、と記事にはあります。
　２８日から海自の航空機、艦艇、潜水艦を動員した攻撃は始まりその日の夜に
は沈没しています。

　まず、自衛隊に依頼が行った時点で陸自の出る幕は有りません、その当時陸上
自衛隊が海岸から８０キロ以上沖合いの船舶に如何こう出来る手段は持ち合わせ
て居ませんでした、大型ロケット弾だろうが重砲だろうが、いい機会もへったく
れもありません。

　ならば沿岸に引き寄せてそこでと考えたい処ですが、第十雄洋丸の船腹には未
だ大量の重油が残っており、流出した油による被害も考えられる事から、出来る
ならばなるべく遠く深い所で処分したいとの考えもあり、また撃沈作戦の準備に
時間もかかった事から洋上での処分となったようです。

　航空自衛隊に関してはわかりません、対潜哨戒機による艦艇攻撃だけで十分で
はないかと考えた可能性はありますが、わからない以上思い付きでどうこう言う
気はありませんし。

　ざっと調べた結果、確かに海自が担当するしかなかったと考えていいかと思い
ます。

＞にも。さん
　思いつきで仰るのはかまいませんが、その結果考えや調べが足りないとか非難
されるのはご自分の責任ではないかと思いますが。
　なぜ、当時の人はにも。さんですら思い付いたであろう作戦を実行しなかった
のか、当時の事情をちょっと調べてみればそれこそ「簡単に思い付く」事だと思
うのですが、当時の新聞なら気のきいた図書館には縮刷版は備え付けてあります
し、事情を調べる事はそんなに難しい事では無いと思うのですが、日時もわかっ
ているのですし。
ｏｏｉ

当時の映像では、タンカーより激しい火災と
猛烈な黒煙が上がっていたように記憶してい
ます。
少なくてもスキップボミングでは、投弾後に
機体に悪影響を与える可能性が皆無ではない
ように感じました。
SAW

80キロも沖合、だったのですね。失礼しました。
当時の自衛隊に精密爆撃の出来る機体は有ったのでしょうか、FS-T2改を含め。
にも。

ooiさま＞80キロも沖合、だったのですね。失礼しました。
FS-T2改を含め、当時の自衛隊に精密爆撃の出来る機体は有ったのでしょうか。
にも。

＞16　第十雄洋丸事件発生、同艦沈没・・1974年11月
T2特別仕様機（FS−T2改）初飛行・・1975年6月
となっています。なお、空対艦ミサイルASM‐1の実戦化は1980年。この事件の当時、FS−T2改及びASM‐1が無かったことは明白ですね。また、ASM‐1以前に自衛隊は空対艦ミサイルを装備していなかったわけで。
FS−T2改にこだわっておられるようですが、ちょっと検索するとか調べてみればこの辺の経緯がわかりますよ。
アリエフ

＞１６
　海上自衛隊のＰ−２（この場合ＶかＪ）が対艦ロケット弾装備で攻撃に借り出されていますが。

　空自の場合、この当時だとＦ−８６の爆装型かロケット弾搭載型のいずれかを投入せざるを得なくなるはずですが、たぶん計画時点でその可能性はオミットされています、普段その周辺を行動エリアにしていて現場での対空時間もかなり多めに取れて曲がりなりにも対艦攻撃をお家芸とする哨戒機を投入出来る訳で、世間も注目していて失敗の許されないこの任務にわざわざ空自の機体まで投入しただろうかと、普通は考えますけど。
ｏｏｉ

＞追記
　一応、当時Ｆ−４ＥＪが百里の３０１空に配備されてはいましたが、当時のファントムには爆撃コンピューターは搭載されておらず爆撃任務を行える状態じゃなかったのは言わずもがなです。
　んじゃ、Ｔ−２なら配備されているから・・・当時配備されているはずのＴ−２の前期型はＦＣＳの類は無い訓練用機なので爆撃任務は行えません。
　Ｆ−１０４Ｊにそんな任務はやらせる訳には行きませんね？
　Ｆ−８６Ｆでは、滞空時間等で不安が残ります。

　結局、ろくに調べもしない思いつき程度の事は既に検討されてたんでしょう、其れだけの事です。
ｏｏｉ