鳳翔＝一層
龍驤＝二層
の格納庫を持つゆえです。
龍驤も、もともとの設計では一層格納庫だったのだが、建造中に搭載機数を増加させるために半ば強引に二層構造に上乗せした。このために復元力不足が指摘され、バルジを付けたり色々追加工事をおこなっていますね。
ちなみに搭載機数は、載せる機体の種類によっても異なりますし（大型機が多ければ、当然少なくなる）信濃の場合、本来０機の予定（自艦固有の飛行隊を持たない予定）を47機にしてますし、実際に乗せようと思えばかなり乗るのではと判断する人もいらっしゃるようですし。
更に言えば、鳳翔の格納庫は前部、後部に別れており、また格納庫自体の幅も狭いようですのであまり多く積めなかったのでしょう。
また鳳翔は海軍初の（世界初にもなったが）初めから空母として建造された空母でしたので、かなり試行錯誤があったのでは？龍驤はその運用実績なども参考にしているでしょうし、多少なりとも「設計の勘」を掴んでいたはずですし。

Lachesis

回答ありがとうございます。龍驤が二層だということは驚きました。
ノッポさん

龍驤は小型機を搭載したから４８機の搭載を予定したのではなく、当時の艦上機が折畳等でその後の新型機よりも同一の格納庫で多数格納できた故の４８機です。また信濃と比較するのであれば、それに近い機種構成と運用条件で算出された龍驤の搭載機数は信濃の約半数で２４機。零戦、九九艦爆、九七艦攻時代であっても３５機ですから４８機という数字は建造年代と機種構成を考えなければならない数字だとわかるでしょう。
ＢＵＮ