基本的には必ず徴用した使用料は支払われます。

戦没や海難でその船が失われた場合には、船舶保険から保険料が支払われます。
民間保険会社が戦闘地域に行く船舶に対しての保険適用を拒否する場合もありえますので、そういう場合は政府による保険契約・補償契約や、保険会社に対して指導を行って特殊な保険契約をさせていたと思われます。
もっとも、負けいくさであった第二次世界大戦で、日本の船舶会社に対して十分な金額が支払われたかどうかは別問題ですが、戦後も日本郵船や大阪商船などが破産していないので、それなりの金額は支払われていたと思います。

いぎし ちじ

日本語が変で申し訳ありません。
修正
2行目 誤「船舶保険から保険料」
正「船舶保険から保険金」

いぎし ちじ

　日本の場合
http://www.ndl.go.jp/horei_jp/kakugi/txt/txt00340.htm
　国家総動員法に基き、海運も国家管理になり、運賃が支払われ、また損失は国家が補填するという形になってます。
　また船員は、また別口で管理されており、この時点で海運会社の抱える船員は、給料等も含めて、国家管理で、死亡等に対する補償も国家から行われるという事になります。
　また船舶の新規購入は、基本的に海運会社と造船会社の間で建造購入契約をするのではなく、中間に産業設備営団という官営組織を置く形になってました。中間搾取ならぬ中間補填を行っていたわけです（乱暴に言うと、造船所には高額で船舶を買い上げ、海運会社には安値で譲渡）
ＳＵＤＯ

＃3に補足
　日本のこれらの処置は英国等を参考にしたものだそうですから、恐らく英米等でも基本的には同じような仕組みを持っていたと思われます。
　また、現在の日本ではそういった仕組みは無いようなので、それぞれの徴用等に当って個別に契約手続きが取られると思われます。
ＳＵＤＯ

いぎし様、ＳＵＤＯ様、ご回答ありがとうございました。
かめ

日本郵船株式会社発行の「二引の旗のもとに」によると昭和21年8月に戦時中に発生した損害に対して、政府は一切の補償をしない旨の発表がなされたとのことです。
日本郵船の戦時補償額は3億4627万円であったとのことですがそれを全く受け取ることが出来なかったようです。
しばいぬ

戦後は国家が破産した状態で、ハイパーインフレ（３年間で物価〜１００倍）も起きてます。
会社が存続したのは補償があったからではなく、人が残したということなのですね。
船員の死亡補償も軍人とは大きな差があり、船団護衛のまずさとあわせて、戦後の民間船員から
海自不信を招いたとも聞きますが、どうなのでしょう。

キック

　下記のサイトで「戦時補償特別処置法」をお調べ下さい。
　簡単に言えば、戦時補償請求権について１００％の税をかけるという法律です。一件につき個人５万円、法人一万円の控除が認められますが、控除額の合計は１０万円が上限とされています。つまり一人ないし一企業につき最高１０万円までしか戦時補償はされず、それを越える部分は全部チャラということです。
http://www.daiichihoki.co.jp/dhweb/GENPOU/index_014.html

カンタニャック

訂正　「戦時補償特別措置法」です。
カンタニャック