第一次、第二次の両大戦のドイツと米国関連を調べてみると、この問題にあたると思いますよ。
　今でも、例えば海峡を通過する時には浮上するとかしないとか、色々取り決めが関係国の力関係も含めて色々とあるようです。
ＳＵＤＯ

第一次世界大戦の当初、ドイツ海軍は国際法を遵守して戦闘を行うことを隷下の
潜水艦隊に命じていますし、第一次世界大戦後、潜水艦の行動に制限を課すことを
目的とした条文を挿入した条約・議定書は、1922年のワシントン条約(未発効)を
皮切りに、1930年のロンドン軍縮条約、1937年のロンドン議定書といった具合に
複数が存在しています。

どんな条項だったかというと、ここにあるような感じです。

http://www.gwu.edu/~jaysmith/Submarine.html

特に商船に関して、無警告での撃沈が問題視されていたことがわかると思います。
道すがら

質問がまとまってないような気がしますのでケースをわけると
　１．潜水艦が公海にて潜航状態で（相手を確認せずに）水上艦（商船を含む）を攻撃する。
　２．公海にて潜航している潜水艦を水上艦ないし潜水艦が攻撃する。
　３．領海内にて潜航している潜水艦を水上艦ないし潜水艦が攻撃する。
の３ケースかと。
１．の場合は　道すがら　さんの書かれているように、国際法上問題視されています。
２．の場合は　戦時中でなければ勝手に攻撃することは大問題です。
（追いかけっこのすえに衝突・沈没した例は冷戦中にあったようですが、故意ではないので事故として処理されたようです）
３．の場合は　力関係もありますが、潜航して領海侵犯をするということは不審船として攻撃されても
攻撃される潜水艦側に非があるので、問題視はされないと。
潜水艦は浮上航行して、その際に国旗を掲揚することが求められています。
（大抵、そのような領海侵犯を行うのは、特殊作戦用のミニサブですが）
実際、スウェーデンが１９８３年にソ連のものと思われる潜水艦を攻撃していますし、韓国は発見すれば北朝鮮の工作船を攻撃しています。

キック

潜水艦について、それなりに制限が存在するのですね。
要領を得ない質問内容で、ご迷惑をおかけいたしました。
ありがとうございました。
smart

遅レス御免なさい。

軍艦の定義については国連海洋法条約に以下の規程があります。同条約は１９８０年代のものですが、軍艦の定義については２０世紀の国際慣習法を成文化したものといえるでしょう。

第29条 軍艦の定義
　軍艦とは、一国の軍隊に属する船舶であって、当該国の国籍を有するそのような船舶であることを示す外部標識を掲げ、当該国の政府によって正式に任命されてその氏名が軍務に従事する者の適当な名簿又はこれに相当するものに記載されている士官の指揮の下にあり、かつ正規の軍隊の規律に服する乗組員が配置されているものをいう。
　参照　http://www.geocities.co.jp/WallStreet/7009/m0008332.htm

　軍艦と認められるには、旗とは限りませんが何らかの外部標識が必要です。ただしこの外部標識が常にどこからでも一目瞭然であることは要求されていません。いわゆる「ロービジ」であってもいいわけです。
　また、軍艦が商船旗や中立国旗を掲げて戦闘することは戦時国際法違反となるでしょうが、敵が外部標識を確認出来ない状況で攻撃をおこなったからといって、戦時国際法違反となるものではありません。（夜間攻撃、超遠距離からの砲撃、近年のミサイル攻撃などを考えてみて下さい。）そう考えると海中の潜水艦の外部標識が見えないとしても、この条項に反することにはならないでしょう。
　軍艦であることの表示の必要性は、もっぱら臨検や外国領海や港湾での扱いなどに関して生じます。軍艦は敵国および中立国の民間船舶を臨検し場合によっては拿捕あるいは撃沈できますが、そのためには臨検対象となった船舶に軍艦であることを明示する必要があります。その意味で国旗や軍艦旗などの標識が必要でしょうが、これは商船への無警告攻撃を違法とする国際慣習法（国際条約を発効させようという動きは何回もあったが成功しなかったということを重視すれば、国際慣習法は不成立と考えられるかも知れません）の一要素といえましょう。



第20条 　潜水船その他の水中航行機器
　潜水船その他の水中航行機器は、領海においては、海面上を航行し、かつ、その旗を掲げなければならない。

　　


交戦国の軍艦同士が戦闘する場合、事前に攻撃の意図を相手に伝える必要はありません。その意味では軍艦の無警告
カンタニャック

うわ、消し忘れた。最後の３行は忘れて下さい。（なお、上２行は平時に潜水船が外国の領海内を無害航行する場合についての国連海洋法条約の規定です。）
カンタニャック