これは面白い視点だと思います。
明確に回答できる材料がまだ無いんですけれども、建造順に左右チグハクな艦を並べて、高角砲の反対舷射撃についての射界改善の時期と重ね合わせると何かヒントのようなものが見えて来るかもしれませんね。
私は前期の艦と後期の艦では理由が異なるのではないかと思っています。
これから調べる楽しみとしましょう。
ＢＵＮ

遅ればせながらBUN様、ご回答ありがとうございます。

そうですか。外観から見ても特徴ある配置なのですが、それに関して「何故そうしようとしたのか？だから何故そうなったのか」という明確に回答できる材料がないのですね。
この疑問は艦船模型の空母を作り始めてすぐ気付いたことなんですが、「トータルすると左右それぞれ同数の高角砲を積んでいるからまぁ良いじゃないか」といった曖昧な解釈しか持っていませんでした。

個艦だけで見ていくとどうと言うことのない高角砲配置ですが、同型艦（準同型艦）同士や、生い立ち／設計思想が似た艦とを比較すると意図不明になってしまいます。

以下は全くの私見ですが・・・

「加賀」「赤城」での比較。
近代化改装における「赤城」の事情はともかく、先に改装された「加賀」に関して、従来の高角砲位置のままでは湾曲煙突直後に３基高角砲が並ぶ事になり、排煙の影響を受け過ぎる為、あえて右舷は前２基＋後２基（こちらは煤煙除楯付）としたが、左舷については特に影響がないので三段甲板時の３基並んだ状態＋前部に１基増設したにとどまった。

「蒼龍」「飛龍（雲龍型）」での比較。
これについてはよく分かりません。「蒼龍」の左舷前部には特に障害になるような物体も無く、「飛龍」らのように両舷とも前２基＋後１基でも良いように思うのですが・・・

「飛鷹型」「大鳳」での比較。
それぞれ煙突を持った大型艦橋があるので、艦橋が高角砲発砲による影響を軽減する為（あるいはBUN様の仰るような反対舷射撃を考慮して）右舷前部は１基とした。
（仮に両舷前部に２基装備と仮定すると、上面図を見る限り１、２番高角砲の並びの状態で３番を置くと艦橋前部に３番高角砲がかかり、反対舷射撃が出来なくなる）
計画の「改大鳳型」では「大鳳」の１、２番高角砲あたりに３、４番が配置されていて反対舷射撃の事情が何となく分かる。

といったものです。
ではなぜ、「「飛鷹型」や「大鳳」らは初めからもっと装備位置を前寄りにして両舷高角砲を「前２基＋後１基」で揃えなかったのか？」とか、「「加賀」の高角砲を左右とも２基×４組にする方が射撃指揮等の都合も良かったのではないか？」とか色々疑問もありますが、それらに関してはBUN様の仰るように「これから調べる楽しみ」と致しましょう(^^；。

そうやって考えると、一番意図不明なのは「蒼龍」になってくるのです・・・
素人モデラー

高角砲が６基の艦は左右が3基づつであり
前方後方で3基づつでもあるんですよね。

飛龍が左舷後方に1基なのは艦橋配置の影響で
左舷中央部に艦橋配置を予定していた翔鶴型も
左舷後方の2基は
排煙の影響のある右舷後方の2基よりも後方という
艦橋配置変更のなごりが見られます。
Kleist