確かに潜水艦用の機銃は防水仕様なので、水上艦用のものとは違いますが。
質問の烏帽子のようなものって弾倉のことでは。それなら水上艦でもついています。
模型ですがこんなものも−＞http://www5b.biglobe.ne.jp/~pitroad/gf60.jpg
キック

＞１
　弾倉では有りません。
　位地的には、横から見て弾倉と照準器の間。
　真中に一つ、弾倉の３倍以上の高さで、弾倉とは逆方向への曲がり方で立ってます。

ヤムラ

＞１
　特におかしな形状のものが載っている写真というものは確認できませんね。
　＞２
　ご指摘の艦の艦名と写真撮影時期を教えてください。
わんために

手持ちの資料で一番潜水艦搭載の機銃でわかりやすいのは、伊４０２の戦後の回航時の写真でした。（丸スペシャル＃１３）
それで見る限りはご質問の突起は見当たりませんが。
キック

　位置等からすると、LPR照準器の的針矢のようにも思えますが...
　でもこれは水上艦艇にもある装備ですし...
　っていうか、潜水艦の機銃にLPR照準器は付いていたっけ？
　ネット上のどこの画像なのか、どの本の何ページの写真なのか、はっきりすると...
セミララ

＞３
　アップではっきりわかるのは、呂１０９・昭和１８年８月（アングル違い数枚）、伊１０・昭和１８年、伊１１・昭和１７年７月、伊２９・昭和１７年１１月・１８年春（アングル違い数枚）・１９年４月、伊３３・昭和２８年７月、伊４７・昭和１８年１１月、などです。人物の背後で機銃本体は見えなくても、この物体だけ見える写真も有ります。
　アップで無くても、側面からの船体全景写真なら必ずと言って良い程確認する事が出来、かなり目立ちます。
　逆にソレが写ってない写真を探してみたのですが、公試時の伊１６が一枚有るだけでした。これも基部らしきシルエットが見えるんで、後日装備の可能性はあります。

＞４
　代わりと言っては何なんですが、真ん中の銃身の上に、補強にしてはやけに凝った作りの枠が有りますよね。これも単なる潜水の為の補強なのか、何か用途が有るのかよくわかりません。
　潜水艦用３連装機銃は各部が簡略化されてて、照準器も固定式ですし、連装の単純な火力強化版では無く、別物として別けて考えた方が良いと思います。

＞５
　同じ事は私も最初に考えてみたんですが、それにしては形が妙過ぎます。
　潜水艦用連装機銃の照準器は、水上艦にも見られる射手が旋回手用の照準環の位置も同時に調整出来る（左右がロッド＆ギアで接続されてる）環形照準器です。ただ、それぞれの照準器本体は潜水時には取り外して艦橋横の専用耐圧ケースに収める様です。
　私の見ている写真は特別な物では無く、光人社（潮書房）の写真集や学研の太平洋戦史シリーズみたいな、ごくありふれた一般書籍に掲載されてる物です。

ヤムラ

＞3
　確かに、確認出来る写真がありますね、手持ちでは、世界の艦船の日本潜水艦史、伊４７、昭和１９年および戦後の撮影による写真のこれでしょうか？
　ただし明瞭な写真で確認できないものも多くあるようですが。
　私見ですが、環形照準器をセットした状態での袋状のカバー、というのはどうでしょうか？
わんために

＞７
判らないことは答えない、というのはどうでしょうか？
すすむ

　手持ちの写真で一番判りやすいのが、｢ハンディ判 日本海軍艦艇写真集19｣のP.101の写真(昭和17年7月の伊11潜　潜望鏡辺りから後方を写したもの)です
　これを見ると　>環形照準器をセットした状態での袋状のカバー　ではないです
セミララ

この問題は迷宮入りですね。
お答え頂いた皆様、ありがとうございました。

ヤムラ