米軍が使用していたキルマークはステッカーになっているはずなので、胴体の塗装とは色素あるいは顔料が異なっているはずです。
（ガブレスキー中佐のサンダーボルトに、キルマークの裏を切手のようになめて張っているシーンがＮＨＫで放送された『飛行機の時代』にありました）

また、日の丸に関しては手書きだというのを聞いたことがあります。
モデラーの方なのでおわかりかもしれませんが、一般に手書き（刷毛塗り）の方がスプレー塗装よりも塗膜が厚くなります。

手書きされた厚い塗膜が丈夫だったと言う理由もあるでしょうが、件のサイトの画像を見る限り、ジャングルなど『日当たりの悪い』場所に遺棄された機体が多いので、日光に当たらなかった分、色が長持ちしたと考えるのが妥当だと思います。日本海軍機の濃緑色も、残っている部分はあまり褪色していないようですし。
ネコ丸

日本の大戦期の航空機用塗料赤色は有機顔料ですので、耐光性の点では弱い部類に属します。
片

条件が同一ならば表塗りから順番に剥げて行きます、ニセコの３２型等を見ると日の丸が剥げ上面色が現れ他の部分は茶褐色等良く判ります。
http://otd6.jbbs.livedoor.jp/1255492/bbs_plain
零戦で限って言えば現物での手書きは見た事が在りません、ネコ丸様おっしゃる様に紫外線が一番のネックだと思いますが・・・？
ジャングルに在った物でもこんなに程度が良い物も在りますので画像掲示板に載せておきます。


Ａ６Ｍ２３２

画像掲示板アドレス忘れました。
http://www.warbirds.jp/BBS/gazo2/joyful.cgi
Ａ６Ｍ２３２

米軍のも赤色は弱そうですね。
http://www.pacificwrecks.com/aircraft/p-40/attu/p40star.jpg

マーキングに使う原色の赤は、酸化鉄顔料なんかでは発色しないので、有機顔料を使うことになります。
これはとにかく耐光性が弱点になります。
片

有難う御座いました。
密林のような、直射光の射さない場所であることが退色しない要因であるということですね。
恥ずかしながら、質問を送った後に、以前購入した大戦機のカラー写真集中に１葉ですが滑走路横に放棄された百式重爆らしき機体の日の丸が白く退色した写真があるのを発見いたしました。

ところで、質問ついでではありますが、当時の赤色の塗料で使用された有機顔料とは、どのようなものなのでしょうか？
有る掲示板では、赤の塗料には水銀を用いていたとの話が出たのですが、ジュラルミンを腐食させる水銀を含む塗料を使用したものなのでしょうか？

ほんだ

海軍のレギュレーションの中で水銀を使った塗料といえば「光明丹」くらいです。
一般的な赤色には使われません。

片

有機顔料自体は普通に検索していただければ情報を得られます。
片

海没物は日の丸部分が一番塗装層が多いので内側からの腐食に強いのか日の丸が良く残る様ですね。
知覧・加世田・大刀洗・琵琶湖等どれも他の塗装面に比べ日の丸は鮮やかです。
実際の所どうなのでしょうと考えてしまいます。
Ａ６Ｍ２３２

耐水性は良いように書かれてますね。
片