ルール(FAA reguration)として「機長は左側(ないし定められた機長席)に座らなければならない」とは規定されていないようです。でないと航空教習なんてできませんよね、「機長席」に生徒が座るのですから。
　ただ、エアラインや軍隊のような組織には航空法とは別に内部規定がありますから、そこに「機長は定められた機長席に座るべし」と定められているかも知れません。

　規格としても「固定翼機の機長席は左、回転翼機の機長席は右」と何かで定められているわけではないでしょう(メーカーの社内規定にあれば別ですが)。多分に慣習的なものだと思います。

ささき

　ありがとうございました。
　自動車の運転席とは違って、特に厳しく決められているものではないということですね。ライセンスも自動車と違ったシステムですからね。
　メーカーや組織ごとの慣習ということで納得がいきました。
ネコ丸

旧海軍では右に主操縦員(メイン)左が副操縦員(サブ)でした。戦後はアメリカ式で、
左右の席が逆になりました。当時の中攻操縦員の話によると、アメリカの戦闘機は、
左側のサブばかり狙ったそうです。メインと勘違いしていたのでしょう。
蒼空