文化遺産を保護するという名目で、あえて実行しなかった と聞いています。

文化財を保護するためでなく、軍需施設がなかったためでしょう。他にも別府は温泉があるため占領後の利用価値があるため爆撃されなかったとの話もあります

どこからどこまでが京都か、によります。伏見など京都市内の周辺部はある程度の空襲例があったと記憶しています。あと、単独機の誤爆とか。

↑という理由も聞いたことがありますが、本当は後に原爆投下予定になっていて、原爆の効果を正確に知る為に空襲しなかったとも聞いたことがあります。