外務省ＨＰのＰＬＯに関する記事（下のＵＲＬ）によると、パレスチナ暫定自治政府長官と訳している。
http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/plo/data.html
暫定自治政府の実質的な長、元首であるアラファトが、公式には同政府の行政機関の長であり立法機関の長では無いのだから、「大統領」や「主席」とする方が正確かもしれないが、アラファトはＰＬＯの議長としてのイメージが強いから「自治政府議長」とするような訳が通俗的に用いられているのではないでしょうか。
アリエフ

ありがとうございました
JSFNL