これは時期によって異なるんですが、大正１４年に「当分ノ間第一艦隊及第二艦隊ヲ以テ連合艦隊ヲ編成ス」とされて以来、第一、第ニ艦隊のみの連合艦隊時代が長く続き、昭和１５年頃から編制の拡大が行われ、大東亜戦争突入時には第一から第六艦隊、第一航空艦隊、第十一航空艦隊（基地航空隊の事実上全戦力に近い）に南遣艦隊を加えた大編制となっています。このように有力部隊の殆どを指揮下に置いていた訳ですが、面白いのは海上護衛総隊に空母が配属された際、連合艦隊ではない空母部隊が誕生したことでしょう。また、最終的には連合艦隊司令部は全海軍を統合した海軍総隊司令部を事実上兼任し、若干の形式的例外を除き全海軍を指揮下に置くことになります。
ＢＵＮ

BUNさま、またしてもご回答ありがとうございました。GF所属でない部隊の所属先としては、BUNさんが書かれた海上護衛総隊の他にはどんなものがあったのでしょう。各鎮守府、支那派遣艦隊あたりが思いつきますが、大本営海軍部直属部隊というのもあったのでしょうか？
Sampon

大本営の直轄部隊ということなら、たとえばトラック島が空襲される以前の
第一航空艦隊などがそれに該当しますね。練成中に投入されて兵力を消耗す
ることなく温存することが主目的だったと認識します。あと、「支那派遣艦
隊」は正しくは「支那方面艦隊」(CFS)ですね。
今泉　淳

ふと思い出しましたが（というか、↑を書いているときに度忘れしていました）、
小澤治三郎がGF長官になったときは、先任順序の関係で南東方面艦隊（NTF、司
令長官草鹿任一中将、海兵37）、南西方面艦隊（GKF、司令長官大河内伝七中将、
海兵37）をGFから除き大本営直轄にしたはずです。

今泉　淳