私の知る限りにおいては、日本の船舶は日本人乗員のみで運航されていたようです。
　ご質問の「武装解除された艦艇」は、「復員輸送艦」と称されておりまして所管は第二復員省（海軍省の後身）ですして、乗員は基本的に旧海軍軍人のみです。
　また、民間商船は戦中より継続している船舶運営会（？）により計画され、各担当海運会社により運行されており、民間商船船員によるものと推察しております。連合軍により貸与されたリバティ船、ＬＳＴ、各１００隻も同様に民間船員により運行されています。

　蛇足になりますが、一部では米国海軍独自でＬＳＴを佐世保〜上海〜釜山との三角輸送に従事させたりしちゃものは、米国海軍軍人によるものですし、連合軍占領地（収容所近海）では連合軍から派遣された士官の指揮下に入ることもあったようです。
　
　手元にノートしかありませんので、わかる範囲でお答えします。
能登

能登様、御回答有難うございます。
中村