前者が軍隊の部隊の指揮官（軍団長、師団長、大隊長など）の一種であるのに対し、後者は将校の階級の一種であり少尉は最下級の将校の身分です。少尉＝小隊長というように、特定のクラスの指揮官は特定の階級に定まっているというわけではありません。ドイツ軍の武装親衛隊（ＳＳ）のタイガー戦車部隊（第１ＳＳ機甲擲装弾兵師団第１戦車連隊第１３中隊）の例ですが、中隊長が高級中隊指揮官（陸軍の大尉に相当）だったり、あるいは下級中隊指揮官（少尉に相当）だったりします。さらに、小隊長が上級中隊指揮官（中尉に相当）ということもある。
例えば、中隊を指揮していた大尉が倒れ、その場に他に適任の大尉がいない場合は、同じ部隊のより下位の階級に当たる者（中尉、少尉など）がその中隊の指揮権を取るようなことが日常茶飯であったわけです。また、同じ小隊でも兵科による兵員数の違い、任務の難易度や専門性上の違いがあることも、指揮官の階級に多様性が生じる原因です。さらに、時期によっても異なったりします。
アリエフ

ありがとうございます〜。
taba

小隊長というのが、普通の会社等でいうところの「部長」とか「課長」とかといった「役職」名です。それに対して少尉というのが階級です。現在、日本で階級制度があるのは自衛隊・警察等です。警察の例でいえば、「本部長」とか「署長」とかいうのが役職、「警視」「警部」とかいうのが階級です。警察署長は警視正か警視、「課長補佐」程度でも、警察庁本庁の補佐は警視クラスがやっています。ただし、「警視総監」は役職名＝階級です。普通の会社でも、あえて言えば「取締役」というのが階級に当たるでしょうか。「中将の師団長と少将の師団長との違い」とかいうのは「取締役部長と普通の部長との違い」に例えられるでしょうか。また「中将の軍司令官と中将の師団長」の違いは「常務取締役と部長の取締役」の違いに例えられるかもしれません。
見習士官

平安時代の官位と職と似ている。
帝國海軍兵学校生徒