ジャム防止のためらしいです。
過去ログにあったのですが、見つかりません…。
N.W

マガジン内部における弾薬の配列を揃え、また砂粒などを叩き出すことによってジャム(作動不良)を避けるという意味があるのですが、まぁはっきり言えばおまじないみたいなものです。
ささき

ちょっと関係薄いんですけど、古くなったFloppy diskもこれやると
うまく読めたりします。
wittmann

スタンリー･キューブリックの名作「フルメタルジャケット」でも散見されます。伝統なんでしょうか？
ＹＦ−２３Ａ

第二次世界大戦でもありますよ､昔私も同じ質問をしましたが映画「プライベートライアン」でも同様のシーンが有ります､ＢＡＲのマガジンをヘルメットでコンコンと叩く仕草です｡
効能と言うか効果ついての解答ははささき様と同じ内容でした｡
伊号

マガジンに弾薬を装填する場合、ケースのリム底部がマガジン最後部まできっちり
押し込まれるようにするのが鉄則です。

これが中途半端な状態になっているとボルト（ブリーチ）がうまく弾薬を引っかけ
られなかったり、弾薬のリムがマガジンリップにひっかかかったりして送弾不良の
原因になります。（特に、ダブルカアラム・ダブルフィードのマガジンでは空送り
の可能性も出てきます）

また、装填したままのマガジンを持ち歩くと、きちんと揃えて装弾したにもかかわ
らず、走ったり転んだりした拍子にマガジン内で弾薬が踊って位置がずれたりする
こともあるわけです。

そういうわけで、銃にマガジンを装着する前にマガジン後部を数回たたいて内部の
弾薬の並びを揃えるという行為には装填不良の防止という実利的理由があるのです。
（もっとも、最近の銃は出来が良いので少々のことでは問題はないようですが）

ボルカニック

弾薬をそろえてジャムをなくすためにやっていますが、うちの会社の弾倉の場合あんまり意味なし。
普通、軍の使用する弾倉は使い捨てだと思うんですが、うちは十年二十年使ってますもん。　びんぼーやのぉ・・・
おかげで揃えようがどうしようがジャムる弾倉は必ずジャムる。　悲しいほど・・
まあ、気休めにやってはいますけど。

どこでそんなことを知ったか。　たぶんに映画の影響があるかな。
結構格好良く見えますから。

KOBA-P