>２０ミリ機関砲の曳航弾には赤い発光物質が含まれているのでしょうか？
それは違います。

>それともフジツボ除けか何かの理由で元々船に赤い何かを塗ってあったのでしょうか？
下地に塗る防錆塗料とも受け取れますが、状況から見て単なる赤錆でしょう。

>銃撃された船や車の弾痕部周辺が円状に塗料がはがれているのをニュースなどで見ますが何故直接銃弾のあったていない場所の塗料がはがれるのでしょうか？
弾着部周辺も弾性・塑性変形するからです。
輪ゴムにアクリル塗料を塗り乾燥させた後、その輪ゴムを引っ張りましょう。
100%これに似た状態であるとは言いませんが、かなりの部分が該当します。
実際は固体内・表面衝撃波との相互作用ですが。
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