『精度』の意味合いにもよるのではないかと思います。

一般的な『命中精度』の事であれば、両者に差異はないと思います。
いずれも、弾丸を飛ばす為の推進火薬の着火方法であり、命中精度には直接影響を与えないと愚考します。
命中精度に影響を与えるのは、銃身の長さ・工作精度、弾丸の形状、ライフリングの有無、推進火薬の爆発力、銃本体の形状（頬当て式・肩当て式等）・・・の方が影響が大きいと思います。

『精度』を『兵器としての信頼性』として捉えるならば（無理があるでしょうか・・・）、火打式の点火方法の方が信頼性は高いと思います。
天候に左右されず（理論的にですが）発射が可能な上、着火用の火縄を兵士が保持しなくて良いと言う事は、それだけで戦力評価は火打式の方が高いと思います。
しかし、火打式も必ずしも１００％着火が可能か？と言えばそうではないでしょうが・・・

まぁ、結論としては、火打式の方が『銃火器の着火方法』としては、優位なのでは？と愚考します。

以上、上辺だけの知識しか持たない素人でした。

（間違いがあれば訂正して頂ければ幸いです）
匿名希望の素人(^_^;)

　ご質問の文面を見る限りでは命中精度のことを訊かれているようにも見えますが・・・

　すでに書かれていますが、命中精度で火縄銃とフリント・ロックを比較した場合、少なくとも18世紀後半頃までは両者ともスムースボア（無線条）銃身ですから、命中精度には大差はないように思います。後は、銃身の長さや、発射薬の充填量、あと射手の射撃姿勢（銃本体の形状に繋がるポイント）等によるでしょうか。
　日本の火縄銃には、銃身を長くした狭間筒というのがありますが、これはその名の通り城塞等の狭間（銃眼）から突き出して射撃するために銃身を長くしたもので、長銃身化による命中精度向上は多少期待できるという程度のレベルでしょう。

　銃の点火機構としては、フリント・ロックは火縄式より遙かに信頼性の高いものでした。といっても、悪天候下ではやはり不発の可能性が少なくなかったようですが。
　16世紀中頃に登場したフリント・ロックは、その後19世紀初頭にパーカッション・ロックが登場するまで、実に300年もの間、銃器の点火機構として使われることになりました。フリント・ロックの登場によって、銃器はようやく戦争の主役に躍り出ることができ、戦争の形態そのものまで変化させたといえます。
ブラック・タロン

質問文中の「”両者同等かむしろ火打ち石銃が上。”という説」の出どころが知りたいと思います。

一般的には、１．匿名希望の素人(^_^;)　氏、 ２．ブラック・タロン　氏　
＞．18世紀後半頃までは両者ともスムースボア（無線条）銃身ですから、命中精度には大差はないように思います。〜　
の解説なさっている通りですが、特殊な例−−＞”ケンタッキーライフル”を、ご存知の上での
質問でしょうか？

”ケンタッキーライフル”はその名の通り、旋条された”長”銃身から球形弾を発射する
フリントロック式ライフル銃です。初期のアメリカ大陸開拓時代に製作、かなり使用された銃です。

「弾丸は球形弾だが、それをパッチにくるんでライフリングにくい込ませ回転を与えたこの銃は、
　現代のライフルド・スラグより高い命中精度を持っていたのである。」

　上記は、”ケンタッキーライフル”に関して　”別冊ＧＵＮ”　昭和５６年　国際出版Ｐ．２０３頁よりの
　抜粋です。　しかし所詮、球形弾では、そのすぐ後に出現したミニエー弾等に始まる長形弾に
　かなうはずなくすたれて行きました。

軌跡の発動機？誉

便乗質問失礼。
火縄銃とフリント・ロックではロック・タイム（引鉄を引いてから発射までのタイムラグ）に差があるのでしょうか。
原質問を読んで、そのくらいしか違いを思いつかなかったので…
Schump

矮鶏さん
私もフリントロックが上という説の出典と根拠を教えていただきたいのですが。
今までは、引き金の軽さで火縄が有利で命中率も上。
管理の難しさと火縄の光と臭いなどによる隠密生の弱さが火縄の弱点と考えていたのですが。
カンタニャック