航空自衛隊の平成１１年度調達装備に「９ｍｍ拳銃射撃訓練装置」がありますので、装備品として拳銃を所有していることは確かです。
http://www.jda.go.jp/jasdf/johoopn/bukiW.htm
しかし、この拳銃は飛行要員の携帯用ではなく保安用のものだと思います。非友好的地域上空でも作戦を行う米軍と異なり、専守防衛を旨とし自国領空上での作戦を原則とする航空自衛隊の任務において、飛行要員が拳銃を携帯して出動する必要性があるとは思えませんから。救難用の信号拳銃なら持っているかも知れませんけど。
ささき