特設軍艦と徴用船の区分というものではなく、徴用された船舶の中で軍艦としての艤装を施されるか、その任務に就くものがあると考えて良いと思います。
例えば、17年7月31日の達二百十七号「特設軍艦飛鷹を帝国艦艇籍に編入し左の通命名せらる　軍艦　飛鷹（ヒヨウ）」といったように軍艦籍に編入されると同時に特設軍艦から正規の軍艦となったことがわかります。そして特設軍艦としての工事と軍の徴用はまた別の問題となります。
ＢＵＮ

遅レスですが・・・
確たる資料を持っている訳ではないので想像モードですが、
運送船として海軍に徴用された船の中には、特設運送船籍に入っていないものもありますので、（浅間丸など）そこで特設艦艇と徴用船を区別しているのかも知れません。
また、乗員ですが、特設運送船の中には軍人は下士官の連絡員のみ、という船もあったようです。

もつ