同じ海域を進むわけではありません。
　例えば真珠湾奇襲時、「香取」は前線よりのマーシャル諸島のクェゼリン島にあり、第六艦隊司令部はそこから指揮をとっていました。ですから潜水艦の隠密性を損なうおそれはありません。
　指揮の問題ですが、当然のことながら配下各艦や関係各部と連絡するために充実した通信機能が必要です。しかし、潜水艦自身はしばしば潜水を行い（当たり前ですが)その間は通信不可能、浮上時もマストは低く能力は低い。司令部要員を乗せる空間もない。ゆえに潜水艦以外にどこかしっかりした司令部施設が必要です。ただしそれは、大本の連合艦隊司令部自身が陸上に上がって活動できたくらいですから、フネである必要性は低いでしょう。
井中かえる

ついでに書きますが、潜水艦による哨戒任務などの場合、担当区域を潜水艦Aから潜水艦Bに引き継ぐと言っても、別に会合してから引き継ぐわけではありません。人知れづ担当海域に到着し、前任艦は予定通り（変更なければ）そのまま帰途に付く。といった具合に、単艦で行動する場合が主なため、個々の潜水艦は、作戦中、僚艦の姿を見ることなく行動することも珍しくはなかったようです。
Lachesis

　一つ、忘れていました。
　確かに、史実では潜水艦隊の司令部は前線より少し引いたクェゼリン･トラック・呉といった泊地から指揮を取っておりました。
　しかし「大淀」級軽巡洋艦は、自らの搭載機で直接偵察できるところまで進出し、そこから潜水艦部隊を指揮するという構想で造られました。
　まあ、その搭載機が1800海里という長大な航続距離をもつ化け物水上偵察機「紫雲」なのですが、旗艦と指揮下の潜水艦隊が同じ海域にあることになったのは確かでしょう。
井中かえる

＞同じ海域を進むわけではありません
そうなんですか！密着までとはいかなくてもてっきり近くにいるべきものだとおもっていましたからクェゼリンとは以外でした。確かに連合艦隊の司令部が最後には
陸にあがった事から問題はなかったんですね。まぁ、実装時期的にもその例外として大淀等の旗艦があったと考えて良さそうですね。

＞個々の潜水艦は、作戦中、僚艦の姿を見ることなく行動することも珍しくはなかったようです。
なんか孤高の艦で華々しさがないものの、縁の下の力持ち的な存在ですね。艦隊勤務は本当に辛そうに感じました。


潜水艦部隊

>2,4
潜水艦＝単艦・孤高というイメージも強いのですが、（それを好む艦長も多かったようですが）潜水艦一般でいうと狼群作戦というポピュラーな戦術＝別の顔、があります。この場合同海域に複数の潜水艦がいて（味方艦を撃たないよう）連絡を取り合って協同攻撃、共同作戦をします。拾い上げた不時着搭乗員、捕虜、怪我人を他艦に移すというようなことも普通に行われていたようです。

IWA