バッテリー内蔵の電動艦でも充電用の発電機はあります、って言うか、その充電並びに水上航行時の主機としてディーゼル機関や蒸気タービンが存在しているのです。

で、それは船によって千差万別で、排気口がついていて水上航行時そこから排気する事もありますし、蒸気タービン艦に至っては煙突がついています。
（第一次大戦中にイギリスが建造しました）
ｏｏｉ

ふつう、潜水艦は水中でもディーゼルを回して走るというものではなく、潜る時はディーゼルを止めて電動機に切換えます。
（まあ、シュノーケルのついている艦は、潜望鏡深度でならディーゼル回して水中航行できますが）
バッテリーの容量など高が知れていますから、充電しながら行動を続けます。
水上をディーゼルを回して走りながらバッテリーに充電し、潜るときにはそれを使うわけです。水上→充電、潜航→放電を繰り返すというわけです。
全てをバッテリーに依存した軍用電動潜水艦というのは、ごく限られた用途に使われる超小型潜水艇くらいしかありません。
（もっとも、戦後の艦や大戦中でも米海軍の艦は、水上でも電動機を使って走りますが、それはディーゼルを回して発電機を動かし、その電気で走るものです。やはり余剰電力はバッテリーに充電されます）

蒸気タービンの場合も同様です。
ただし、原子力潜水艦の多くは蒸気タービンで走っています。
まなかじ

ご回答ありがとうございます。
潜るときと、水上航行時で機関を切り替えていたのですか、勉強不足でした
では、潜水艦が、初めて投入されたときから電動機を装備していたのでしょうか
イー401

　そこの辺りは図書館でもちょっと大きい本屋でもある潜水艦の本を読んで頂ければおわかりになるかと思いますが、一応、近代的潜水艦の祖である、ホランド型から既に水中推進用の電動機とバッテリー、それに充電する為のガソリン機関を備えていました、これ以降、充電用の機関については色々と試行錯誤しつつ現在に至っています。

　なお、原子力潜水艦の場合、まなかじさんもご指摘の通り原子炉で湯を沸かし、その蒸気でタービンを回して進む方式を殆どが取っています、一部、そのタービンで発電機を回し、モーターを回す方式を取っている潜水艦もありますが。
　ご存知の通り原子炉は水中でも（酸素を使わないで）動きますから、原子力潜水艦をして初めて潜水艦になった、それまでは可潜艦でしかなかったと言われるのはこの為です。

　これ以上の詳しい所は各種書籍を読む事をお勧めします。
ｏｏｉ

蛇足で申し訳ございませんが、核動力潜水艦も補助のディーゼル・エンジンを備えています。補助ディーゼルがシュノーケルでも使えるのかどうかは全く存じませんが、核動力潜水艦が浮上中に、補助ディーゼルらしき排気煙を出している映像はときどき目にします。
GST

蛇足ついでに、実戦で戦果も挙げた世界最初の有人AIP潜水艇(?)「回天」の排煙は、当たり前ですが酸素魚雷と同じです。
ＧＳＴ

米英独立戦争で使われた「タートル号」、米国南北戦争で使われた「ハンレー号」など極初期の潜水艇は人力推進でした。ハンレーは敵船撃沈に成功していますが、帰還途中に沈没し乗員全員死亡しています。
ささき

排気ガスを出してる例
http://www.ukans.edu/~kansite/ww_one/naval/hboat07l.gif

蒸気機関を乗せちゃった場合
http://www.submariners.co.uk/articles/kclass.html

ＳＵＤＯ