私の根拠ない考えですが、
「排便袋があり、浮上時に投棄」が一番現実的かと思います。
無頼庵

蛟龍のトイレの位置は、エンジンルームと後部電池室の中間です。なお、排出については不明です。甲型の場合、排便、小便のあとに重油でニオイを消したそうです。
寝るスペースですが、前後電池室の上にある通路（ベニヤ板をひいただけのもの）の上で１人つづ同時に寝ます。この場合もトイレの場合もそうですが、カウンターウエイトとして逆方向に１人移動しなければ、トリムが変わってしまいます。

蛟龍の行動日数ですが、計画では５日となっていますが、実際には３日が限界だったようです。これは、機械的な理由ではなく、人為的な理由です。早い話し体力がそこまで持たないと言う事です。
ＧＯ

汚物の排出はビルジポンプで行ったそうです。
ＧＯ