日本海軍の空母に実例があります。
艦載機発進後、空いた飛行甲板にソリに載せた25mm機銃を配置しました。
勝井

　船は揺れるのでFCSのスタビライズの問題が生じると思いますし、ペイトやホークみたいなシステムは簡単には展開できません。もっと簡易なシステムなら問題は無いと思いますがどの程度までなら容易なのかはちょっとわかりません。ただ、各国で歩兵携帯型SAM等を流用したシステムを搭載している事例がありますので、甲板でスティンガー抱えた兵員が射撃するというのはありでしょうね。
　また緊急ではないとするなら、例えばソ連の空母は甲板にミサイル埋め込んでますな。
　大事なのは、空母にSAMシステムを無理に乗せるぐらいなら戦闘機を一騎でも多く載せたほうが数倍ましな効果を発揮するという事で、戦域防空ミサイルを応急的に搭載するなんてのは、殆ど妄想の範疇じゃないでしょうかね？
ＳＵＤＯ

　真面目にちょっとだけ考えてみたですが、拠点防空型でかつ自律運用可能なもの（スティンガー等携ＳＡＭの類や対空機関銃／砲、自走短ＳＡＭなどの類）ならば運用は可能かもしれません（無論照準やらの問題は出てくるでしょう）、但しＳＵＤＯ氏が述べておられるように戦域／地域防空システムの様に配置にある程度の広さを必要とするものはどうかと言うと難しいのでは無いかと思われます。
　ペイトリオットを例えば艦船ではなく広いフラットな艀（まあ、メガフロートみたいなもんでもいいや）のようなもので運用する事は不可能では無いでしょう、停泊していればタンカーでも難しくは無いかもしれません、しかし捜索／指令用のレーダー（ホークだとこれに照準用のレーダーも入るんだっけか）の能力を発揮するには高い（かつ見晴らしの良い、マストとかが邪魔をしない場所）所に置かないといけませんが、艦船で運用する場合そう言った場所を作ってあげなくてはいけません、そう言うことをするぐらいなら、護衛用のイージス艦でも一隻回した方が断然楽です、ましてや、航行中にそんなものを運用するなんざ正気の沙汰とも思えません。

　停泊中にそう言うことをするのであったれば、単純にそれを運用可能なだけの広い場所を確保して、そこに展開すればいいだけのこと、それが出来ないのならば、護衛の艦艇と航空機でエアカバーを被せ、それが出来ないのならばそもそもそんな所へ行かないのがまともなやり方というものでは無いかと考えますがいかがでしょう。
ｏｏｉ

防空ミサイル置くより戦闘機載せるの方が効果的だと考えつきませんでした。まだまだ未熟者です（笑）。詳しいご回答ありがとうございました。
mol

戦争末期の航空基地周辺の塹壕で20mmや7.7mmの機銃を発射して低空の敵機を狙ったら、隣の塹壕で指揮をとている
将校や下士官に弾を当てて死なせた例があります。
だだっぴろい飛行甲板の上で多数の機銃を配備しても低空を飛ぶ雷撃機を撃ったら自艦の味方撃ちによる事故が頻発するのではないでしょうか？
Navy