えっと
第二次大戦当時の日本海軍の
駆逐艦主砲に多用された３年式12.7サンチ砲と
主力高角砲だった89式12.7サンチ高角砲を指しての質問でしょうか？

それだったら、射程はイエスです
威力は難しいですね、何を持って違うとするかで変わります

まず両者の用いる砲弾は基本的に同じ物が使えます
よって一発の威力は基本的に同じだと言っても良いかもしれません

装甲貫徹能力は実際問題として比較の意味は無いと思いますが
たぶん３年式の方が同一距離に置ける鉄板貫徹力では多少勝るでしょう
ただしこれは潜在的にでして
日本軍は着発信管の通常弾（榴弾）をこの規模の大砲では用いていますので
ある程度以上の装甲に対しては殆ど何も期待できないし、日本軍は期待していなかったのでは無いかと想像します

また89式高角砲の方が射撃速度が大きいです
カタログ上で1.5倍、実効レートでは2倍近いかと思われます
よって一定時間内に叩き込める砲弾の量では89式高角砲の方が優位です

ＳＵＤＯ

　概ねＳＵＤＯさんの書かれている通りなのですが、当の海軍では三年式（主砲）と八九式（高角砲）とを比較して、以下のように分析しています。

射距離　：カタログデータ上は２０％理論的には１０％程度、三年式の方が有効射程が大きいが。実際の戦闘では砲戦距離が八千ｍ程度であるので有意な差は無い。
弾丸威力：事実上殆ど同等。

　という具合なので、観測さえ有効に行えるのであれば、射距離にもよるが発射速度が大きい八九式の方が有利である。としていますね。

　但し、実際に艦船に装備されている状態では、射撃指揮装置の違いもあるでしょうから、対水上戦闘においては三年式の方が有利であったとも考えられます。

　捕捉ですが、対空戦闘の「威力」に関しては改めていうまでもないでしょう。
tackow

ありがとうございました。「提督の決断IV」において秋月級の砲力が吹雪級にくらべあまりにも劣っていたので気になりまして。
ゾマロ