対空誘導弾を撃ち尽くしたときの最後の要とか、近距離での対艦戦闘とか、艦砲射撃です。とゆーか、おそらく主として艦砲でしょう。
　イタリア海軍では７６粍速射砲をＣＩＷＳ代わりにしていますし。
　間違いがあると思うのですが、あれば訂正してください。
居眠り将軍

戦闘艦と言えど別に常に戦闘状態にある訳では無いし、今の様な平和な社会において
例え不審船を目の前にしても、いきなりミサイルをブッ放しては外交上やばいんじゃ
ないでしょうか。国際法でも
1.不審船を見つけたら、停船命令を出し　
2.立ち入り検査を行う。
3.停船命令に従わない場合は、警告射撃・爆撃を行う
4.それでも従わない場合は、撃沈しても良い。
と在りますし、ミサイルだけじゃ荷が重いと思いますが。
居眠り将軍様の言う通り両用砲としての意味合いも、かなり大きいと思います。
20mmCIWSだけじゃ有効射程も制限されるしね。
jas1

ミサイルより艦砲の方が融通が効いてコストが安いと言うのも上げられるのではないでしょうか。

ミサイル一発より砲弾一発の方が安いですよね。
ボートを叩くのにいちいちハープンぶっ放す訳にもいきませんし、警備等につく場合にはミサイルよりも融通は効くと思いますが。
ｏｏｉ

陸上への砲撃というのも任務の一つにありますね。

原子力巡洋艦ロングビーチがオンリーミサイル装備
で竣工した時、大統領ケネディが「魚雷艇が攻撃
してきたらどうするのか。」という質問をした所、
あわてて5インチ砲を搭載したという「伝説」がある
そうです。
SAW

そういえば、米イージス艦は5インチ砲でイラン高速艇と
交戦したことがあります。

鎌倉時代の武者が、弓だけでなく太刀を持ってるような
ものでしょうか。(笑)
SAW

過去ログを見てもらえば判ると思うんですけどね
砲は対空対水上対地等への火力投射に礼砲、威嚇射撃なんかに用います

「主砲」として、つまりメインの武装として見るのではなく
「副砲・補助砲」としてみると理解がし易いかと思います

ＳＵＤＯ