日本潜水艦は大東亜戦争初期から後期にかけてずっと商船への攻撃を実施しています。禁止というのは間違った考えです。
搭載していた酸素魚雷に欠陥があり商船攻撃に不向きであったとか、色々ともっともらしい事情がありますが、基本的にはガダルカナル以降、輸送任務が潜水艦隊にとって最大の重圧になってゆく傾向があります。
ＢＵＮ

いくつかの戦記を読んでみたのですが、商船攻撃の話が見当たらなかったので、てっきり攻撃しなかったものと思ってしまいました。
それにしても、Ｕボートの活躍と比較してあまりに戦果が少ない・・・輸送専門とはなさけない話です。
みや

日本の潜水艦部隊は基本的に斬減作戦を目的に整備され来ており、
酸素魚雷や水上高速、巡洋型のイ号潜水艦なわけです。
艦隊襲撃を想定していただけあって開戦初期のインド洋での通商破壊
では短期間でかなりの戦果を挙げてます。
しかし艦隊首脳部は通商破壊を軽視してたようでドイツほど本格的に
は行われなかったようです。（同じ理由で海上護衛も軽視）
中期以降ではBUNさんぼおっしゃるとおり輸送任務で失われる潜水艦が
多くなっていき、後期には輸送潜水艦が作られたりしてます。
また高価な酸素魚雷を商船に使うのはもったいないと言う考えもあった
ようです。
taka