漢字で書くと旧日本海軍のイメージが強く出るからとか言う理由だったと思います。
歩兵を普通科といったりするのと同じ理由ですね。でも「こんごう」クラスとかは
明らかに旧日本海軍の艦艇から名前をとってるから、あまり意味がないですよね。
taka

以前、世艦のコラムで「ひらがなだとコンピュータ管理が便利云々」ていってたと思いますが、まああれは後知恵の類でしたけど参考までに。
勝井

takaさん，「こんごう」どころか，
国産護衛艦第１号が「ゆきかぜ」ですから…
おまけに，掲げる旗は旭日旗だし．

海自発足当初の所属艦の艦名ってそんなに
旧海軍を意識しないようなネーミングにしてましたっけ？
勝井

勝井さん、ネーミングではなくて「漢字」で表記すると帝国海軍を
連想させる、という意味ですよ。「ゆきかぜ」は「雪風」とは違う
んだよ、ということを強調するためだったと考えられます。
桃水軒

↑それについてはまあ理解できますが,
じゃ旭日旗の方はどうです？
（確かに問題にされるんじゃないかと危惧してたようではありますが,でも採用してるし）
勝井

軍艦旗は当時の大臣が独断で決めた物
命名のアレは官僚が、色々気にして決めた物

だったんでは？

ＳＵＤＯ

何を仰るＳＵＤＯさん、そんならおまえと駆け比べ…ではありませんが、旭日旗、というより現在は自衛艦旗ですが、政治家が独断で決めたわけではありません。あの旗に決定するまで、とやもせむかうやもせむと紆余曲折ありましたがどうにもまとまらず、米内提督の親戚にあたる米内穂豊画伯にデザインを依頼したところ、「軍艦旗以上のデザインはなし」との返事。、困じ果てた時の木村防衛庁長官、かくなる上はと吉田首相にお伺いをたてたところ、「それでよい。旧海軍のよき伝統を守られたし」と一言の下に快諾されて決定した次第です。一応論議は為されているのですよ。
総括しますと、軍艦旗については海自には当然旧海軍出身者が多かったですから、あの旗に郷愁と誇りを持ったのは当たり前でしょう。しかしそんなことを大きな声で言うわけにはいかなかったので、艦名については姑息な手段ではあるものの、ひらがなにすることによって「帝国海軍とは違うんだ」というポーズをとったものと思われます。
桃水軒