あまり解答になっていませんが…。
　日本海軍機の場合、胴体側面と左右主翼の上下面に日の丸が入れられていたようです。
　日の丸の大きさ等は時代によって異なりますが、そういったことは海軍が明確な規定を設けています（直径は主翼幅の何％とか）。
　同じ日本軍でも、陸軍機は左右主翼の上下面に日の丸が入れられていますが、昭和9年〜昭和17年半ば頃の間は胴体には日の丸は入れられていませんでした。
　しかし、太平洋戦争開戦後に海軍から誤射を受ける事件が多発したため、昭和17年後半から陸軍機にも胴体に日の丸を入れるようになったそうです。
　また、航空自衛隊の国籍標識についても、航空自衛隊自身が規定していたと記憶しています。
　国際条約などについては寡聞にして知りませんが、上記のことから条約があるとしても「国籍標識を見えやすいところに入れる」ぐらいのもので、どれくらいのものをどこに入れる、と言う規定はないのではないかと思います。
T216

ハーグ空戦規則案（1920年代につくられましたが、発効していません。
ただし、以下の条文は事実上の基準として機能していたと考えていいと思います。）によれば、以下の通り。

第三条［軍用航空機］
　軍用航空機は、その国籍及び軍事的性質を示す外部標識を掲げなければならない。

第七条［外部標識］
　前諸条で定める外部標識は、航空中変更することができないように固着されなければならない。右の標識は、なるべく、大きく、且つ、上方、下方及び各側から見ることができるものでなければならない。

第八条［外部標識の通告］
　各国の現行規則により定められた外部標識は、すみやかに他のすべての国に通告しなければならない。
　外部標識を定める規則の平時における変更は、その施行前に、他のすべての国に通告しなければならない。
　開戦の際又は戦争中における右の規則の変更は、各国においてなるべくすみやかに且つ遅くとも自国の戦闘部隊に通知するときまで、他のすべての国に通知しなければならない。

参照サイト
http://www1.umn.edu/humanrts/japanese/J1923a.htm
カンタニャック