１．フレアは側方から後方にかけて放出されるようになっている（エンジン排気口と紛らわしくするため）のが普通です。問題の映像を見ていないのでよく分からないのですが、砲兵や攻撃機への目標指示用の発煙弾の可能性もあります。

２．低空を飛行する場合、殊に容易に隠蔽できる肩撃ち式の対空ミサイルに対しては対応時間がほとんどありません。投射が間に合ったとしても、充分に機体から離れていなければ母機が近接信管にかかって損傷を被ることも考えられます。よって対空ミサイルが布陣している疑いがある場所に差し掛かったら、特に無防備になりやすい照準や物資投下の行程に入る前に予防的に投射することがよくあります。

３．手許の資料にあるCH-47の装備例では、30発入りのAN/ALE-29ディスペンサーユニット５基、というのがあります。また、ヘリではありませんが、Su-30では96発入りチャフ／フレアディスペンサー２基を標準装備している、という記事もあります。

４．フレアはマグネシウム等を用いて短時間ながらジェット排気に匹敵する高温燃焼（ということは700℃以上か）をさせています。一方でヘリコプターは排気管の構造を工夫して熱を拡散させたり外気と混ぜて温度を下げたり地上から探知しにくい方向に排出したりするようになっていますので、赤外線シーカーがフレアの方に引き付けられる可能性はそれなりにあるでしょう。
　一方、ミサイル側も、単一センサーではなく赤外線フォトアレイによる画像を使って「飛行機・ヘリっぽい形や動き」を検出するとか、赤外線以外の波長も含めた放射の分析をして「ジェット燃料の燃焼とそれ以外」を識別する等の対応策をとっています。
Schump

回答ありがとうございます。シーンを見ておられないとのことなので説明しますと
１．撮影場所の説明はバクダット制圧後、市内をパトロールする米軍ヘリ。
２．高度はビル屋上の少し上、プラス１０−２０ｍ。速度は５０−６０ｋｍ。
３．撮影場所は開かれた右ドアごしで、前方に機銃と銃撃手が画面の端に確認。
４．発煙弾はマグネシウムが発火するような模様ではなく、ちょうど海難用の信号弾が煙を引いて、ひょろひょろと飛ぶイメージ。
５．発射方向はヘリ飛行方向と平行で角度−３０度。
６．速度はヘリを一旦、ゆっくりと追い抜いた後、失速するようなイメージで後方５０ｍ程度に着弾。
７．着弾時は爆発せず、ちいさな（１ｍ？）発煙。
８．発射速度は２−３秒毎、短いシーンの中でも３，４発は確認できました。
御回答によりますとどうもフレアじゃないみたいですね。
”ここパトロール終わったで”と地上部隊にマーキングする発煙筒なんだったのでしょうか？
ドラ