取り敢えず海軍の方だけ。

　以下は奥宮正武氏（開戦時第十一連合航空隊参謀。終戦時大本営海軍参謀）の調査による開戦時の海軍保有機です（出典：零戦）。

　・艦上戦闘機…………515機
　・艦上爆撃機…………193機
　・艦上攻撃機…………436機
　・陸上攻撃機…………376機
　・陸上偵察機………… 30機
　・複座水上偵察機……242機
　・三座水上偵察機……196機
　・夜間偵察機…………　4機
　・潜水艦搭載偵察機…　6機
　・飛行艇……………… 66機
　・輸送機……………… 23機
　・その他練習機………932機
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　・計………………… 3019機

　陸軍の総保有機数は海軍と大差ないと考えられますので、開戦時の日本軍保有機数は6000機前後なのではないかと思います。

　あと終戦時の海軍の保有機ですが、機種ごとの残存数が分かったのでそれを合計してみました。
　余りにも古い機体は数字が分からなかったので、以下の数字は「少なくともこれくらいはあった」という目安程度にして下さい。
　なお試作機は除いてあります。

　・戦闘機(艦上/陸上/水上)……1845機
　・艦上偵察機…………………… 173機
　・艦上爆撃機…………………… 452機
　・艦上攻撃機…………………… 379機
　・陸上爆撃機…………………… 182機
　・陸上攻撃機…………………… 236機
　・陸上哨戒機……………………　68機
　・複座水上偵察機……………… 220機以上
　・三座水上偵察機……………… 201機
　・潜水艦搭載偵察機……………　17機
　・飛行艇…………………………　 9機
　・輸送機…………………………　53機
　・その他練習機…………………3721機以上
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　・計………………………………7556機

　なお、大戦中に作られた日本機は約７万機といわれています。
　この半数が海軍機と仮定すると、終戦時に残存していたのは総生産数の２割ほどということになります。

　陸軍機に関しては、詳しい方のフォローをお願いします。
T216

>1.
　申し訳ありません、訂正です。

　終戦時の海軍機残存数の合計は「7556機以上」です。
T216

Ｔ２１６様、有り難うございました。
しかし終戦時に７５５６機も残っていたとは驚きでした。
太平洋戦争末期にはよく、日本軍の燃料の問題や熟練操縦士の数の問題はクロ−ズアップされてましたが、単に日本機の残存数だけで見れば７０００機以上も残ってたと言う事ですね。
これは多いと見れば良いのか少ないと見れば良いのか・・・すいません”無知で。
どうしても＜たられば＞で悪いのですが当時の戦争が末期状態とは言え、まだ燃料、人材が整っていればもう少し粘れた？と、見て良い数字なんでしょうか？
その残存数は。
あ−、どちらにせよ空母がいないんでしたっけ・・・それでは無理ですか、所詮。
すいません！アホらしいと思いましたればお答えせずとも結構です。
殿馬

＞これは多いと見れば良いのか少ないと見れば良いのか
　半数以上は練習機や輸送機なので、戦闘に使えそうなのは3300機ですね(練習機などによる特攻は除く)。
　陸軍の状態もほぼ同じと仮定すると、倍の6000〜7000機となりますが、まず実戦投入できない旧式機を除くと6000機以下になるでしょう。
　因みにこれは太平洋全域の残存機体数ですので、日本本土にあるのは5000機以下、更に米軍と正面から戦えそうな機体はその半分以下の2000機ぐらいなのではないかと思います(渡辺洋二氏の「死闘の本土上空」によると、日本軍が本土決戦用に用意した一般作戦用機は5000機強とされている)。
　この頃になると日本の航空機生産はほとんど停止していますから、数が急増することはまずないでしょう。

　なお、この時マリアナ諸島に展開していたB-29だけでも約1000機(米本土などに完成機が約2000機存在。更に生産中)あり、硫黄島や沖縄、大陸などに少なく見積もっても1000機以上あると思われます()。
　また、当時米海軍が保有していた艦隊型空母の搭載機数が2000機以上、護衛空母の搭載機もやはり2000機以上ありますので、損傷艦や大西洋にある艦の分を差し引いても2000機以下になることはないでしょう。
　更にこれに英海軍の空母艦載機300〜400機と1000機以上の保有機を持つ英空軍、2000機以上の保有機を持つソ連空軍が加わります。
　これらの機体のほとんどは新鋭機で、更に欧州から増援が続々と送られつつあるのはいうまでもありません。

＞空母がいないんでしたっけ
　一応終戦時には葛城、隼鷹、鳳翔、龍鳳の４隻が残存しています(あと未完成艦が数隻)。
　最もこの４隻の内、鳳翔以外は全艦損傷していますので出撃するには修理が必要ですが。
　日本近海に敵がいる以上、空母を使う必要性は低いですし、何より空母を動かすための燃料がありません。
　よしんば動けたとしても４隻合計の搭載機が200機以下ですので、米機動部隊とは10倍以上の戦力差があることになります。
T216

いや〜、分かりやすく説明頂き勉強になりました。
有り難うございました。
殿馬

　まだ見ていますか？
　こういう数字もあります。

　1945年９月４日 第88回帝国議会における陸海軍大臣の報告

　　　　　　　　　陸軍　　　　　　　　海軍
　開戦時保有数　　　　約３０００　　　　約１２００
　戦時生産数　　　約３万２５００　　　３万０２９５
　戦時損耗数　　　約２万５５００　　　２万５６０９
　終戦時保有数　　約１万　　　　　　　　　５８８６
セミララ

＞１
大艇の残存機数に愕然としました。
Yakisaba

>1.
　度々申し訳ありません、間違いを見つけました。
　見逃しがありまして、終戦時の海軍残存機の内、輸送機は「53機」ではなく少なくとも「56機」でした。
　よって、合計も「7559機以上」になります。

>7.
　内訳は九七式大艇５機、二式大艇４機です。
　輸送機に分類しましたが、これとは別に晴空(二式大艇の輸送機型)が３機残存していたそうです。
　因みに大戦末期、巨体の大艇は隠蔽が大変で、空襲を避けるため横浜から北海道の洞爺湖や島根県の宍道湖にまで退避させたとのことです。
T216

大艇は元々生産機数が少ないです。
だから一度失われると補充も出来ていません。
Ｋｌｅｉｓｔ