第二次大戦の航空機はけして、雨天では飛行不可能だったわけではありません。
エンジンの形式など、様々な状況もあるでしょうが、雨が降るぐらいならばほとんどの機体が飛行可能だったはずです。しかし、「海軍機」の場合、雨天時で、おまけに強風が吹き荒れているとすれば、そうとう運営は厳しくなるのではないのでしょうか？実際に現場の指示者の感覚にもよるかもしれませんが。
しかしこれを日本軍のみに限って言えば、東南アジアでの戦線の場合、一連の「陸攻機」や陸上で運営されていた機体の場合は熱帯地域ならではの激しいスコールや悪天候などで飛行が不可能なことがあった可能性はあるでしょう。
画面の中の飛行機乗り

雨そのものよりも、雨雲が垂れ込めて地上を隠している、という状況を考えて見ましょう。雲の上からでは雲底の高度がわかりませんし、着陸しようとしてうっかり雲に突っ込むとそこに山があるかもしれません。色々な危険がありそうですよね。
片

＞飛行しようと思えばできますが、やはり危険性が無視できないのだと思います。
＞特に空母などでは、荒天時には艦自体が相当揺れますから発着艦も不可能ですし

＞余談ですがそのゲーム私もやりましたよ〜
＞でも、敵国の兵器を負かす前から設計コンセプトに使えるのいただけなかったな〜。
＞しかも英吉利の兵器全体的に弱いし・・・
＞しかもなぜか、紀伊級よりも強い独逸のH級とかも不思議だったな〜
＞あのゲームは突込みどころ満載だったね〜
麗樹

当時の航法は２種類あり、地面を引き続き視認しながら飛行する「地文航法」と海上の風もしくは星を測定しながら飛行する「推測航法」です。いずれにせよ燃料効率の良い巡航高度を基準に地面（海面）や星が観測できないと航法が成り立ちません。まして、人工水平儀がようやく装備はじめられた時代とは言え計器飛行教育レベルの低い当時において、自分の飛行状態すら見失う雲中飛行は極めて危険でありました。加えて、下層雲があれば目的地（敵目標）を視認することができず、任務を達成することは困難となります。したがって、雲が多く発生し、視程が悪くなる雨の日は任務遂行が困難なため飛行中止となることが多いのです。
つっち

「ゲーム」の観点から一言。
　提督の決断IVはプレイしたことがないので、誤解があるかも知れませんが、「雨だから飛べない」というのは、これまでの回答者のみなさんが説明された「悪天候のときに航空攻撃をおこなうのは難しく、悪天候によって作戦計画が大幅な変更を迫られることもある」という事実をゲーム上で表現するためのひとつの方法でしょう。
　ある程度知識があるプレイヤーには、「雨」ではなく「悪天候」、「天候不良」、「視界不良」などの表現の方がピンと来ますが、おそらくデザイナーはプレステなども含めた広い範囲のユーザーには「雨」の方が理解しやすいと考えたのでしょう。
カンタニャック

ありがとうございます、とても勉強になります
震電改