あまり詳しくは無いのですが（何せ機種選定の時点では小学生にもなっていなかったもので、、、）
1、確か「FSXを国産にするならエンジン売らんぞ」という趣旨の「圧力」だったと思います。この時点では機体はともかくジェットエンジンの国産化は技術的に無理だそうでこれであきらめざるを得なかったそうです。
2、F-16のFBWの話ではないでしょうか?
3、確かF-16とF-15のどちらにするかで最後まで迷ったすえに機体に問題があったときにFI（邀撃任務：F-15はこっち）とFS(支援戦闘任務：F-1,F-2はこっち）の両方が飛行停止になりかねないとかでF-16をベースにすることになったそうです
ポトリオット

　FSXがF-16をベースとする日米共同開発に決定してからも、貿易摩擦の問題も絡んで相当ゴネたと記憶しています（詳細は覚えてない(;^_^A）。確か米議会の一部には「日本にそのまんまF-16を買わせろ」という意見もあったはず・・・
ブラック・タロン

２についてですが、当時採用候補として以下の物が有りました。
�@純国産⇒戦闘機用エンジンの国産が不可能。アメリカの圧力もありボツ。
�Aトーネード購入⇒能力が要求値に達せず。欧州機というハンデもあり。ボツ。
�BＦ１８改造案⇒改造母機として将来性があるとみなされ有望視。双発という点もＦ１６改造に比べて有利。ただＦ１８その物の開発がトラブル続きだった経緯から空幕が強硬に反対しボツ。
�CＦ１６購入⇒能力が要求値に達せず。（特にＡＳＭ４発搭載での航続距離）アメリカ議会では強い要求があったが、アメリカ商務省が「完成品輸出による目先の利益より、共同開発による日本からの技術移転を得たほうがアメリカにとって有利」との姿勢を示したために沈静化。
�DＦ１６改造機⇒消去法で残ったのがコレ。
というわけで、Ｆ１８改造案はむしろ日本側から（それも制服組から）ダメ出しを受けています。
タイ駐在員

F-18をベースにした場合(元々眼中にはなかった)ですがF/A-18EF相当の改造を施すとして、F-2の開発費は約3200億円、F/A-18EFの開発費は約6600億円。
米国と違って少量生産しかできない事やライセンス料の上乗せも考えるとF-2より高価になったでしょうし、F/A-18EFもエンジン開発や機体自体にも不具合ありましたからF-2同様、巷では低い評価だったでしょうね(両機ともそんな事はないですけど)。

F-15ベース案ですが、高価な上に余り手を入れる場所が無い(どうしても国産技術を投入したかった)というのも選ばれなかった一因だったような(笑)。
又、当時F-15案を要求していた空自は双発機の利点等を説いて、F-16を推す防衛庁を説得しようとしましたが「単発が危険と言うのなら三沢のF-16も飛行停止にさせるのか？」というなんとも強引な(笑)反論に遭い、あえなく撃墜されたという逸話もあるそうです。

結局は消去法で残ったF-16ですがFCSと飛行制御用ソースコードが手に入るというのも魅力的だったのでしょうね(後に議会側の反発に遭い手に入りませんでしたが)。
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皆様、早速の回答ありがとうございます。長らくの疑問が解決です。F１６ベースと言うのは落ち着くところに落ち着いたと言うことですね。

もぐら号