過去ログ７９２番でも触れられていますが

○機体価格がB-17の二倍以上。
○対日戦での意外に大きな損失率。（戦闘以外でも長距離洋上飛行でのトラブルなどによる損失）
（※記憶モードですが、稼働率も３割程度だったと思います）

などの点をを考えると、欧州で大量に就役しているB-17をB-29に転換するのは難しかったのではないでしょうか。
Ta

　ただ単純に時期的な問題ではないでしょうか？　Ｂ２９を投入できる時期には、既にドイツへの戦略爆撃はあらかた終了してた。だから、Ｂ１７をそのまま使い続けた。そして新型のＢ２９は、そのまんま太平洋戦線に回すことにした・・・と認識してます。
ツカドン

逆を言うと航続距離の関係（特に首都東京への爆撃）でＢ−１７は対日戦には使えずＢ−２９しか使えないと言う事、及び生産機数の少ないＢ−２９の戦力分散を避ける意味合いでＢ−１７は欧州戦用、Ｂ−２９は対日戦用になったのではないかと。
また、戦争末期はＰ−５１の投入で護衛戦力も確保されており、あえてＢ−２９の投入は必要無しと判断されたのかも（推測）。
jas1

Ｂ２９は、本来対独戦用爆撃機として開発されましたが、本格的量産に入ったのが44年３月以降。他の方が指摘されておられるように、配備される頃には対独爆撃はＢ１７で十分であり、Ｂ２９は長い航続距離を必要とする対日戦に回されたということでしょう。ところで、Ｂ１７Ｇの最大速度５１０ｋｍ／ｈ、上昇限度１１０００ｍ程度であるのに対し、Ｂ２９は最大速度がやや大きく（５８０ｋｍ／ｈ）、上昇限度はほぼ同じ、大きく異なるのは航続距離と爆弾搭載量です（カタログデータの比較だが）。
正確な爆撃を行うにはできるだけ低い高度であることが有利である（その代わり対空砲撃の餌食になりやすい）ことをも考えると、Ｂ２９がＢ１７を上回る飛行性能を持っているにせよ、対独爆撃ミッションでＢ１７に比較して格段に損害が減少するとは思えないのですが。
アリエフ

もう一つ言えると思うのは、
対日戦略爆撃にはＢ−２９しか使えなかった、てことです。
仮にＢ−１７や２４で日本本土を襲うためには、
硫黄島や沖縄の占領まで待たねばならなかったでしょう。
しかも、沖縄はともかく、硫黄島にはマリアナほど大規模な航空設備は展開できないでしょうし。
勝井