レスがつかないようなので、特に資料がある訳ではないですが書いてみます。

これは、胴体側は塞がないと支障が出るのに対し、カウリングはそのままでもなんら問題なく、生産現場や配備後の都合を考えると、むしろそのまま互換性を持たせた方が良かったからだと思います。
つまり、胴体側をそのままにするとコックピットに猛烈な空気が吹き込み、操縦者への障害や、キャノピが吹っ飛ぶ可能性等を考慮し、塞いだんだと思います。
一方カウリングはそのような不具合は起きません。また、カウリングの構造が、銃口ありきになっているので、廃止するためにはかなりの設計変更が必要ですし、その改造の実施は、機体側と同時またはそれ以降にせねばならず、そういった労力を費やすだけの意味がなかったのだと思います。
生産設備を変更してしまうと、旧型機（左銃あり）への補充パーツが供給できなくなる不都合も生じます。
白線の記入は、機体側の改造実施の随分後、実施期合わせの心配が不要で、旧型への部品供給の可能性がかなり減ったころに止めていたように思えます。
FJ1

FJ1様どうもありがとうございます。ただ
＞むしろそのまま互換性を持たせた方が良かったからだと思います。
１３ミリをつんだ５２型丙の右側切かけは、大は小を兼ねるといったことでしょうか？。

hana

右の１３mmは軸が内側に移動していますので、そのまま旧型に使えたかはあやしいですね。実際にどうだったかは判りません。１３mmは乙から採用されていますが、それ以前のタイプに乙用カウリングを付けてたとすると外観は乙にしか見えませんし…。この場合の互換性云々は、改造の目的である火力向上をまず達成した上で、あわよくば持たせておきたいぐらいの重要度ではないでしょうか。それに対し乙→丙でカウリングを廃止することは、目的（メリット）があまりない割に上に書いたデメリットがある、ということだと思います。
FJ1

FJ1様、ありがとうございます。
hana