V1は夜間にも飛ばしていますよ。

以下はあくまで推測です。
夜間の方がパルスジェットの炎が視認出来るため、発見しやすかったのでは無いかと思います。撃墜は昼間よりも夜間の方が困難でしょうが。
あとV1は、現代の巡航ミサイルのような精度の高い誘導装置は搭載していませんから、あまり低高度を飛ばそうとすると目標付近に到達する前に海面or地面に突っ込む可能性が高かったのではないでしょうか？
弥空

　Ｖ１はロケットではなく、パルスジェット推進ですね。

　それはそれとして、去年出た野木恵一「報復兵器Ｖ２」（光人社ＮＦ文庫）によれば、
Ｖ１は１９４４年９月初めまでに８５６４発がロンドンに向け発射され、
そのうち１９１２発（２２％）はイギリス空軍の戦闘機によって撃墜、
１５７５発（１８％）は対空火器によって撃墜された、とのことです。
阻塞気球に引っかかって落ちたＶ１も２７８発（３％）とのこと。
自分で勝手に墜ちたものもあって、結局ロンドンに到達したのは
全部で２３４０発（２７％）に過ぎなかったそうです。
撃墜率は後になるほど高く、９月初めには７２％にも達し、
ロンドンに到達する率はわずか９％にまで低下したとか。
　ただしこの本は題名通りＶ２ロケットに関するものなので、
Ｖ１に関する記述は多くありません。
便利少尉

ヨーロッパに配備された最初のP-61の任務が夜間イギリスに飛んでくるV1飛行爆弾の撃墜でした。1944年5月にイギリスに配備され、7月には初撃墜を果たしています。地上からのレーダー誘導にしたがって目標に近づき、攻撃時は自機のレーダーを用いたようです。

もっともP61の飛行速度はV1よりやや遅いので後方から浅くダイブして攻撃、射撃時に近づきすぎてV1の爆発に巻き込まれるなど危険の多い任務だったようです。
エラガバルス