簡単に言うと，エンジン内（吸気管中）に噴射して気化熱により燃焼室温度を下げて異常燃焼（混合気の自己着火）を防止し，その分過給圧を上げて最大出力を増やします。

この事項はよく質問されていますので，武器，装備全般：328と航空機：773，439，383，112をご覧になってはどうでしょうか。
isi

エンジン内（というよりシリンダ内）に噴射というのは共通なのですが、噴射の位置はエンジンによって様々です。
たとえば、誉は一一型は気化器側から吸気管内に噴射していますが、一二型からは過給器の翼車にあけた穴から噴射しています。火星は過給器のカバー内側から噴射しています。ここまでは混合気に噴射しているということになりますが、「火星二三型」は過給器と気筒の間の吸気マニホールド内に燃料を噴射してますから、水メタノール噴射後に燃料を混ぜているということになります。
胃袋３分の１

学研の「紫電改」の原稿で使った「誉」の画像をアップしておきましたのでご覧ください。
http://www.platon.co.jp/~vought/kakuki/mitene/ZD_MetanolG1.gif
胃袋３分の１