僕もあまり詳しくはありませんが、答えられる範囲で。
まず高翼は、その後（軍用機では）廃れたことからも余りよい配置ではありません。その最大の理由は視界の問題と、翼を支える支柱が必要となるため、空力的にも好ましくないためと考えます。
第二次大戦では中翼より低翼の方が良いようでしたが、
これは紫電と紫電改との関係から類推できますが、
脚の長さを短縮できるため、折りたたみ機構の簡便化が図れ、
信頼性向上と部品数の減少（すなわち整備性の向上）に寄与したものと思います。

それぞれの空力的メリットは僕にはわかりません。
他の方お願いします。
勝井

高翼機は廃れておりません。また空力的にも格別不利ではありません。例えばＢ２４は高翼単葉機ですが、支柱はありませんしＢ５２も然り。その他続々と高翼の系譜は続いていませんか。
また、大戦機には中翼の機体も多くあり（しかも人気があったりしますね）、中翼でも脚の短い機体も存在します。
空力的メリットとしては中翼が頭一つ有利なのでしょうが、warbirds達のデザインは空力より「胴体をどう利用するか」が問題であると言っていいのではありませんか？
ＢＵＮ

廃れたのは「戦闘機の」高翼配置ですね。
少し視野が狭かったようです。
失礼。
勝井

ゴミレスです。
高翼機は、旅客機の場合、下の景色が良く見えるというメリットがあります。フォッカーのF-27とその後継シリーズのようにこのためわざわざ縦長の窓を付けいる例も。また、地上での姿勢が低いので空港ビルから離れた所に止めた時、自前のラダーの展開だけで乗客が乗りおりできます。デメリットはエンジン音がやかましい。また、人によっては高翼機は気分が悪くなりやすいといいます、翼にぶらさげられて揺さぶられるからだそうです。
ＳＨＩ

純粋に空力的な効率を比べると、中翼がわずかに優れ、高翼と低翼がほぼ同等ということになりますが、高翼の場合、胴体〜主翼〜エンジンナセルで囲まれる空間が大きめになるため、ここを抜けていく空気の抵抗を受けやすいため、「翼にエンジンをつける」場合は若干不利になります。
横安定性は高中低の順に優れていますが、胴体が翼幅に比べて低い場合はあまり関係なくなります。
脚の収納という点では、低翼にすれば引き込みスペースと安定性（短足ワイドトレッド）の点で有利ですが、単発プロペラ機のようにトルクの影響を受けやすい場合や艦上機以外はそれほど気にしなくていいようです。
現代のジェット戦闘攻撃機においては、翼下パイロンへの搭載作業のしやすさから、高翼〜肩翼（中翼より高いが、翼面の上に胴体があるにはある）にすることが多いようです。
また、軍用あるいは小型の輸送機が高翼配置にするのは、積み下ろし時の機体への接近しやすさと、エンジンを高い位置において不整地飛行場での異物吸い込みを防止するためです。
Schump

↑あーあ、ためため接続してるよ。気をつけなきゃ。
Schump

最近の戦闘機が高翼や肩翼を採用している理由のひとつとして、
水平尾翼を主翼より低くしたい（タックアンダー対策）もあると思います。

たかつかさ

質問者です。
たくさんのご回答ありがとうございます。やっぱり航空機にこれがベスト、という物は無いんですね。与えられた仕事と状況でこういうのも選択していくと言うわけで。
個人的にはレシプロなら低翼機（ゼロ戦ですね）がすきなのですが。
かとう

高翼よりも低翼の方が着陸が簡単、という違いもあります。
接地前には『地面効果』というものが働き、主翼からの吹き降ろしが地面との間に空気のクッションを作るのですが、低翼機の方がこれが良く効きますので、高翼機ほど気を使わなくてもソフトな接地が出来ます。
MITTU

低翼機は胴体下面も翼にでき翼面積がかせげるときいた事があるのですが、それで運動性を重視してた日本機のほとんどが低翼になってるとか。
taka

はじめまして。
ハインケル博士（だったと思うんですが・・・）は、
低翼にすれば,翼の付根と床という強度を必要とする部分が
重なるので,重量の点で有利になる,という話で,
総金属製・低翼単葉機を主張してましたね.
多分第1次大戦の終わり頃のことです.
ろーえん

Ｐ５１は確かに翼上面が床といっていいのですが、あのスピットファイアは、床、無いぞ・・・。百円玉を落としたらどうすればいいんだ？
ＢＵＮ

↑きっと、背面に入れて、キャノピーに落ちてきたのを拾うんですよ。
まなかじ

たぶん、出てこないんですよ
で、空戦すると、どっかでチャリーンとかカラカラと音がして
「あ〜なんかも、すっげー気になるっ！帰ったら絶対探してやるっ！」
と生還への強い決意が生まれ、結果的に生還率が高まるんでしょう

ＳＵＤＯ

F4U コルセアにも床板がなく、背面にいれるとホコリやらどっかから外れたネジやらボロ布やら整備員の忘れたスパナやら隠しておいたエロ本やらが落ちてきたそうです(一部表現に嘘あり)
ささき

高翼だと…胴体着陸できないからギアが死ぬとベイルアウト確定…少しイヤ
零式支援戦闘機

↑そんなことありません。ほんの少し前に福岡で高翼機の胴体着陸があったではありまぜんか。綺麗なもんでしたよ。
ＢＵＮ