まずは神風号。
12年５月14〜20日：ロンドン〜東京帰還飛行（ジョージ６世戴冠式撮影フィルム空輸）
同年11月６日：太刀洗飛行場にて離陸時のエンジントラブルによりオーヴァーラン・転覆大破。（世界記録樹立の）飯沼・塚越コンビ負傷。
13年３月３日：後部胴体・右主翼・垂直尾翼・エンジン・プロペラを交換して修理完了・現役復帰。製造番号刻印部分が残存していたので法的には同一機扱い。
14年１０月６日：台北から福岡に向けて離陸後、悪天候により機位喪失・台湾本島南端から１００kmの洋上に墜落。小池寿二機関士死亡。残骸は回収された。
15年１０月２０日：生駒山に「神風記念館」オープン。外形のみレストアされた上記残骸が展示される。
占領軍による破壊の日時等は不明

ニッポン号
14年11月：海軍に返還され、美幌航空隊所属となる
15年５月〜16年５月：中支・仏印を転戦、爆撃先導、偵察、輸送に用いられる。
16年５月：一式陸攻・零式輸送機の充足により旧式化、横須賀航空本部に返納・保管機となる。
19年１月：毎日新聞社に再び貸与され、「暁星」と命名された、とされるが、同一機ではない可能性が高い。
20年８月23日：新潟から毎日新聞社幹部を乗せて所沢まで飛行。翌24日、日本国籍機の飛行が全面禁止となり、ほどなく米軍により処分。

なお、戦争中、日本の民間機は、新しいものは徴用されていますし、パーツ供給のない輸入機は順次用途廃止になっています（驚いたことに朝日新聞のセバスキー2PA、ＤＨプスモス、ＧＡモノスパー等は終戦時まで稼動しています。）。軍の旧式機や老朽機が貸与・払い下げされることもありましたが、どのみち軍の用務飛行や報道にかこつけたスパイ活動などに使用されることが大く、ほとんどが撃墜・被爆焼失の憂き目にあっています。
戦後、アメリカ軍は各所（飛行可能機のみ？でも神風も壊されてるし…）で残存航空機をほぼ全て処分していますが、民間機が対象となった最大の事例は20年９月13日からの羽根だ飛行場におけるもので、航研機もこのときブルドーザーで穴に埋められています。また、GHQの用務飛行に使う目的でか、ごく少数（はねだ処分では３機のみ：MC-20、一式高練及びパーシヴァル・ガル）が残されていますが、これらも占領期間中に用途廃止・スクラップとなってしまったものと思われます。
Schump

Schumpさま、ものすごく詳細なご回答ありがとうございました。神風号が転覆大破したり、墜落してたとは初めて知りました！！私が知ってたのは東京―ロンドン間を94時間17分56秒で飛んだってことぐらいで、お恥ずかしい限りです。

航研機、羽田の地下を掘れば今でも埋まってるんですね。飛行場拡張工事のときに掘り出されたりしなかったものでしょうか？今すぐ行って発掘したい！！

Schumpさんと紛らわしいHNつけて申し訳無いSamponでした。
Sampon

Schumpさんが書かれたことを補足すると、「神風」号の名前は２代目、３代目と受け継がれたようです。神風号については「美貌なれ昭和」（諏訪根自子と神風号の男達／文藝春秋）に詳しく記されているので、実家に帰った際、また調べてなおしてみたいと思います。
ところでSchumpさん、もしよろしければ上記の出典を教えていただけないでしょうか？
くろねこ