日本海軍の場合、たとえば零戦の場合
Ａ（艦上戦闘機を示すコード）
６（通算６番めの計画）
Ｍ（開発会社コード）
２（改修番号）
なので、三菱が開発した機体は中島が製造しても
Ａ６Ｍです。
もし、同じ仕様書に対して中島が開発した機体があれば
（たとえ三菱で製造されても）Ａ６Ｎになります。

ご質問の「製造会社を示す区分方法」は……どなたかお願いいたします。

たかつかさ

１８年当時のブイン基地での話ですが、胴体についている日の丸のフチが、あるなしで区別していたようです。フチがあるほうが中島製の零戦で、吉田カメラマンが残した写真からわかります。
零戦　写真集　丸編集部偏より回答
Ａ6Ｍ7

米軍機の場合、製造を移管された企業で生産された機体は仕様が異なる場合も多く、ＦＭ−２、Ｐ−５１Ｋ等、オリジナルとは運用を分ける必要が生じる場合を想定して日本機より神経質に型式を振り分けています。
日本機も、製造工場によって細部の仕様が異なる場合もあったとされていますが、具体的に中島零戦と三菱零戦がどう異なったのかは伝わっていません。ただ、日本でもそれぞれ運用を区別することが必要な場合もあった様で、機体の塗装で区別している場合（零戦、流星、紫電改、９７艦攻撃等）もあり、前線部隊の列線を綺麗に両者区別して並べている写真も多く見かけますけれども、国内の基地での撮影が多く、単に写真写りを気にしてのことなのかもしれません。同じく写真を見る限り、最前線では混用されていたのではないかと考えられます。
ＢＵＮ

日本の場合、生産会社ごとの品質管理能力の違いが大きかったようで、「配備された零戦が中島製（要するにハズレ）ばっかりだったので現地司令官が怒った」だの「メーカー純正品以外のエンジン（海軍工廠製？）しか調達できなかった担当者が減俸になった」だのといった話が伝わっています。
Schump

確かにそういった話は坂井三郎氏の著作を始めいくつか読みましたが、果たして、本当なのかな？と。
中島と三菱は零戦を生産していたとはいえ、１６年夏から１９年２月までは両社の生産していた型式が違いますし、１９年夏以降はそんなこと言っていられる状態でもなく(坂井三郎氏も「後期には細かいことを言っている場合じゃなくなった」という内容を語っていたと記憶しています）、また、この頃には生産数では圧倒的に中島製となってしまっていたのですから、もし、そうした出来事が頻繁にあったなら、１６年夏頃までか、１９年前半の第一航空艦隊を構成した大量の新編成の零戦部隊（「虎」２６１空など漢字一文字の名前の部隊です）などでは起きた可能性はあります。しかし、それらの部隊も２１型半分、５２型半分の編制であることが多く、中島、三菱の比較が型式の比較を越えて行なわれたかどうかは疑問です。
ＢＵＮ

追記 零戦以外の機種で、雷電、流星では高座工廠、２１空廠に名指しで「駄目」が出されている事実は確かにあります。
ＢＵＮ

甲飛四期の佐々木原少尉と言う人物が会社から納入された
零戦の試飛行を（いわゆるテストパイロット）行っていたそうです。
昭和１９年後半の零戦の状況についての証言によると
中島零戦が際だってひどかったのは事実だそうで彼らの間では
「殺人機」と言われていたそうです。
台湾まで中島零戦を空輸するのは命がけだったらしい。
４式戦もそうですが軍需大臣のお膝元言うこともあって
生産目標達成だけに狂奔して粗製濫造に陥っていたのでしょう。
こういち

↑貴重な証言だと思います。同社がのちに「剣」を作ってしまう事情が垣間見えるようですね…。あの機体が特攻専用機か使い捨て攻撃機なのかは議論が分かれていますが、普通に飛ぶだけでも充分危険な欠陥機であったことは疑いの余地がないでしょう。
ささき

中島と三菱の体質の違いというのは確かにあったようです。三菱というのはいかにも大会社的、お役所的で軍人さんたちを苛立たせる面もあったようです。
それからお役所的の代表（というかそのまんま）が工廠で、民間会社にくらべて良く言って事務的、悪く言って手抜きというのが当時の常識（余り表だっては言えない）としてあったと断言していいと思います。
舞弥