まず、海軍機の混乱のほうから説明します。雷電・・・ペラの振動問題がなかなかクリアできず、さらに馬力荷重重視の迎撃機だったために、搭乗員が嫌悪感を抱いた。このため審査が長引き、三菱の生産転換計画（雷電への全面移行）に狂いをきたした。

紫電・・・機体自体の素性は雷電よりはるかに搭乗員に好まれたものの、伸縮脚や誉エンジンの不調が審査時にも指摘されたものの、雷電がさらに絶望的だったため、とりあえず使えそうな新戦闘機がこれしかないため量産に移行。しかし、当時の海軍機が皆誉を選択していたため、深刻なエンジン不足に苦しむ。その上誉の品質劣化や、自動空戦フラップの水銀が輸送中に漏れる（ふたをすることですぐに解決）、というトラブルもあったため、100機近い未領収機が向上の側に並んでいました。

他機と同様、不具合も予測されたであろうはずの疾風が何でああも簡単に量産に見切り発車できたか、が問題だと思います。

で、疾風で（機体の）トラブルがほとんど無かったというのは、中島は既に2式単戦という重戦闘機を作っており、経験をふんだんに積んでいること、特に奇をてらった設計や、危険な新技術の導入は行ってないこと（紫電の空戦フラップは自動ですが、中島は手動の蝶型空戦フラップです）、審査側も重戦闘機がどういうものか理解して評価していたこと、などが上げられると思います。(以上SADA)

だあ、わりこまれたー。二つ下はわたしじゃないっすー。(SADA)

しかし、疾風の新機軸は陸軍戦闘機唯一の誉＝ハ４５とラチエプロペラだと思いますが、発動機とペラに不安があった点、紫電、雷電とさして状況の差を感じられないのです。（質問者）

ハ４５とラチエプロペラには散々手こずってます。ただラチエのトラブルは量産開始前に一応は解決しました（誉の信頼性は持病として残ったけど･･･）、それ以外で量産を阻むものは紫電や雷電よりは少なかった筈です。

誉にかんしては自社製と言うのも大きい様な気がしますが。